RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	RNASE1	P07998	156 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TMEM225B	P0DP42	221 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	GABRR1	P24046	479 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	MTNR1B	P49286	362 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	UBE2E1	P51965	193 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	PDZK1IP1	Q13113	114 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	CDK5R1	Q15078	307 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RNF212	Q495C1	297 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	MIDN	Q504T8	468 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	LIN54	Q6MZP7	749 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	CNIH2	Q6PI25	160 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ANGPTL5	Q86XS5	388 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	C12orf45	Q8N5I9	185 aa	Predicted RBP	7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR13C9	Q8NGT0	318 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR13D1	Q8NGV5	346 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR5R1	Q8NH85	324 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SFT2D1	Q8WV19	159 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SLAMF9	Q96A28	289 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SMIM19	Q96E16	107 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A32	Q9H2D1	315 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	GAL3ST2	Q9H3Q3	398 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	HES4	Q9HCC6	221 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RAB18	Q9NP72	206 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RAB9B	Q9NP90	201 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TMEM138	Q9NPI0	162 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TXNL4B	Q9NX01	149 aa	Known RBP	7.15	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZNF469	Q96JG9	3925 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ATR	Q13535	2644 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285		H3BSH0	61 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285		K7N7A8	449 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	MGST3	O14880	152 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RGS9	O75916	674 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZFPL1	O95159	310 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	HAND1	O96004	215 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	KCNJ3	P48549	501 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	EDDM3B	P56851	147 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	NANOS3	P60323	173 aa	Known RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ERVK11-1	P61568	191 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	IL18	Q14116	193 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RSU1	Q15404	277 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	CDNF	Q49AH0	187 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZNF57	Q68EA5	555 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR52W1	Q6IF63	320 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	PYHIN1	Q6K0P9	492 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	NANOGP1	Q8N7R0	232 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZNRF1	Q8ND25	227 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR4F5	Q8NH21	305 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	FOXRED1	Q96CU9	486 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ORAI1	Q96D31	301 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ADAT3	Q96EY9	351 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ELL3	Q9HB65	397 aa	Predicted RBP	7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	EXTL2	Q9UBQ6	330 aa		7.14	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3OR16-10	A0A075B7F0	116 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TRGV10	A0A0A0MS01	117 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	CENPVL3	A0A0U1RRI6	287 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZNF729	A6NN14	1252 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	HMSD	A8MTL9	139 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285		L7N2F9	121 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	NPFF	O15130	113 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	CFD	P00746	253 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ALDOB	P05062	364 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SFTPB	P07988	381 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	GIP	P09681	153 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	LIMS3	P0CW19	117 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	LIMS4	P0CW20	117 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	FOLR2	P14207	255 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	MMP9	P14780	707 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZNF44	P15621	663 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	WNT4	P56705	351 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RAP2B	P61225	183 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	BDH1	Q02338	343 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	COL10A1	Q03692	680 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	KISS1	Q15726	138 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	GUCA2B	Q16661	112 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285		Q499Y3	187 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	BRD3OS	Q6XYD6	125 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TRAPPC6B	Q86SZ2	158 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	LINC00596	Q86U02	117 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SPAG16	Q8N0X2	631 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	KIRREL3-AS3	Q8N7Y1	241 aa	Predicted RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	PXT1	Q8NFP0	134 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	OR56B4	Q8NH76	319 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SVIP	Q8NHG7	77 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	DYRK2	Q92630	601 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TMEM106A	Q96A25	262 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	RFT1	Q96AA3	541 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	NARS2	Q96I59	477 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TBX15	Q96SF7	602 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	SLITRK2	Q9H156	845 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	PRDM13	Q9H4Q3	707 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ISG20L2	Q9H9L3	353 aa	Known RBP	7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	ZFHX3	Q15911	3703 aa		7.13	□□□□□ -1.27
USP3-208	ENST00000558285	TMEM89	A2RUT3	159 aa		7.13	□□□□□ -1.27

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