RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC16	Q96DE5	110 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SEH1L	Q96EE3	360 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SNX22	Q96L94	193 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NEDD4L	Q96PU5	975 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NKX3-1	Q99801	234 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SSBP3	Q9BWW4	388 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BARHL1	Q9BZE3	327 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BANF2	Q9H503	90 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RNF167	Q9H6Y7	350 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SEBOX	Q9HB31	216 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SPACA1	Q9HBV2	294 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	HES4	Q9HCC6	221 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IL36G	Q9NZH8	169 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KAAG1	Q9UBP8	84 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A10	Q9UBX3	287 aa	Predicted RBP	7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR5V1	Q9UGF6	321 aa		7.19	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SMIM31	A0A1B0GVY4	71 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SMIM30	A4D0T7	59 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		F8VVB4	439 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		F8VWA3	439 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SIRPB1	O00241	398 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DVL1	O14640	695 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MGMT	P16455	207 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RAG2	P55895	527 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CAV3	P56539	151 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CLDN12	P56749	244 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR10A3	P58181	314 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP10-3	P60369	221 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	NCS1	P62166	190 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MRPS15	P82914	257 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PAX8	Q06710	450 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IL13RA2	Q14627	380 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PDCD1	Q15116	288 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MPV17L	Q2QL34	196 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DEFB112	Q30KQ8	113 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OLFML2A	Q68BL7	652 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	STUM	Q69YW2	141 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SFXN4	Q6P4A7	337 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LYPD2	Q6UXB3	125 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BTNL3	Q6UXE8	466 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF788	Q6ZQV5	615 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LCNL1	Q6ZST4	164 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RNF144B	Q7Z419	303 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ACOT12	Q8WYK0	555 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM46B	Q96A09	425 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DGCR14	Q96DF8	476 aa	Known RBP	7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SDSL	Q96GA7	329 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TMEM59	Q9BXS4	323 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM234A	Q9H0X4	552 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ATG5	Q9H1Y0	275 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	DCSTAMP	Q9H295	470 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MMP27	Q9H306	513 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BEX1	Q9HBH7	125 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHJ1	Q9NW61	149 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ABRACL	Q9P1F3	81 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	MMP24	Q9Y5R2	645 aa		7.18	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-17	A0A075B6S4	117 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	hCG_1809904	A0A1W2PP81	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPE2	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PQ09	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PR64	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PRV1	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A10P	A6NDY2	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A18P	A6NE21	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A16P	A6NEW6	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A20P	A6NIJ5	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A8P	A6NJQ4	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A7P	A6NKC0	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A22P	A8MWA6	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A12P	A8MX19	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A5P	A8MXJ8	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		A8MXK9	166 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A23P	A8MXZ1	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		F5H0A9	414 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		M0QZ24	198 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GEMIN2	O14893	280 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SIGLEC5	O15389	551 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SCGN	O76038	276 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GABARAP	O95166	117 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	OR2H2	O95918	312 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TK1	P04183	234 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	LIPF	P07098	398 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CLEC2L	P0C7M8	214 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A15P	P0C7V4	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A13P	P0C7W8	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A14P	P0C7W9	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FAM90A24P	P0C7X0	464 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CD37	P11049	281 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A2	P11168	524 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	ZNF182	P17025	639 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	FUT3	P21217	361 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	CEBPD	P49716	269 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	RBM11	P57052	281 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BLMH	Q13867	455 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	GRK1	Q15835	563 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	TAF9	Q16594	264 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	PAN3	Q58A45	887 aa	Known RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	WDR25	Q64LD2	544 aa	Predicted RBP	7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZTK2	550 aa		7.17	□□□□□ -1.26
USP4-213	ENST00000488520	BTN2A1	Q7KYR7	527 aa		7.17	□□□□□ -1.26

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