RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000553289.5

SYNE2-208, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,261 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-208	ENST00000553289	CHAC2	Q8WUX2	184 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PARP11	Q9NR21	331 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RNF7	Q9UBF6	113 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HRK	O00198	91 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CXCL3	P19876	107 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	UBE2L3	P68036	154 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PDPN	Q86YL7	162 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SMRP1	Q8NCR6	262 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR2T10	Q8NGZ9	312 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SLC7A10	Q9NS82	523 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	AP4M1	O00189	453 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCL3	P10147	92 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	HTR1D	P28221	377 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZNF154	Q13106	437 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR52L2P	Q8NGH6	319 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ANGPTL4	Q9BY76	406 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289		A0A0U1RQV5	110 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LEUTX	A8MZ59	168 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C3orf80	F5H4A9	247 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	DXO	O77932	396 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	BRS3	P32247	399 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MAGEA5	P43359	124 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GPX7	Q96SL4	187 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	VPS25	Q9BRG1	176 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZNF665	Q9H7R5	613 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	NTM	Q9P121	344 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MYO7A	Q13402	2215 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	KIAA1324L	A8MWY0	1029 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289		B4E171	279 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PDE6D	O43924	150 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ASAH2B	P0C7U1	165 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TSPAN7	P41732	249 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR1L1	Q8NH94	360 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C1RL	Q9NZP8	487 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289		A0A1W2PQF6	199 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MS4A18	H0YCH9	400 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	EWSR1	Q01844	656 aa	Known RBP eCLIP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MS4A18	Q3C1V0	323 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MRGPRG	Q86SM5	289 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	STXBP6	Q8NFX7	210 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PRSS3P2	Q8NHM4	247 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PIPOX	Q9P0Z9	390 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CBY1	Q9Y3M2	126 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RNF151	Q2KHN1	245 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ANKRD55	Q3KP44	614 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZNF260	Q3ZCT1	412 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	AWAT1	Q58HT5	328 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM78B	Q5VT40	261 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	APOBEC4	Q8WW27	367 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RAB33B	Q9H082	229 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MFNG	O00587	321 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR2J3	O76001	311 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR4A8	P0C604	315 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FBXW9	Q5XUX1	488 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR8B3	Q8NGG8	313 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR8B2	Q96RD0	313 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	NRTN	Q99748	197 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	GPA33	Q99795	319 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCL28	Q9NRJ3	127 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LIPG	Q9Y5X9	500 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	KNL1	Q8NG31	2342 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	C11orf94	C9JXX5	98 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CCL4	P13236	92 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	NAAA	Q02083	359 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM27B	Q5VT28	67 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PRSS27	Q9BQR3	290 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RNF122	Q9H9V4	155 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PRSS50	Q9UI38	385 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM74A7	A6NL05	159 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CDIPT	O14735	213 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	IGF2	P01344	180 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LIMS1	P48059	325 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TNXA	Q16473	311 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PLPPR5	Q32ZL2	321 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LGALSL	Q3ZCW2	172 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TMEM97	Q5BJF2	176 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	VAX1	Q5SQQ9	334 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PERP	Q96FX8	193 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	PPP1R3E	Q9H7J1	279 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FAM90A27P	A6NNH2	459 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	MMP9	P14780	707 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	COX7A1	P24310	79 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	FGF8	P55075	233 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TRAF4	Q9BUZ4	470 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	OR2T8	A6NH00	312 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	ZXDA	P98168	799 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	CHCHD2P9	Q5T1J5	151 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	TMEM65	Q6PI78	240 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	SLC25A40	Q8TBP6	338 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	LINC00052	Q96N35	136 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE2-208	ENST00000553289	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		10.1	□□□□□ -0.79

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