RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SPAG1	Q07617	926 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	IFT172	Q9UG01	1749 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	USP31	Q70CQ4	1352 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	XAGE2	Q96GT9	111 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SUCLG2	Q96I99	432 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	PRM3	Q9NNZ6	103 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	C16orf71	Q8IYS4	520 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MROH2A	A6NES4	1674 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879		H0YIN7	160 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ERLIN1	O75477	346 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	USP37	Q86T82	979 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	PTCH1	Q13635	1447 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	PIK3C2B	O00750	1634 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	GOLGA6L9	A6NEM1	432 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC150	Q8NCX0	1101 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ATG3	Q9NT62	314 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	LZTS2	Q9BRK4	669 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM75P	A6NK02	468 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	F13A1	P00488	732 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	GUCY1B3	Q02153	619 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC181	Q5TID7	509 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SPC24	Q8NBT2	197 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC112	Q8NEF3	446 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	STK24	Q9Y6E0	443 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SGSM2	O43147	1006 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SPA17	Q15506	151 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	UFL1	O94874	794 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF853	P0CG23	659 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP1R2	P41236	205 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	NT5C2	P49902	561 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TNN	Q9UQP3	1299 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CIAO1	O76071	339 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CTSW	P56202	376 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF521	Q96K83	1311 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	BEND3	Q5T5X7	828 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SYK	P43405	635 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TMED8	Q6PL24	325 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	SEMA3E	O15041	775 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MBD4	O95243	580 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21	7e-14	■■■■■ 41.6
PTPRF-205	ENST00000414879	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TAF4B	Q92750	862 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	USP44	Q9H0E7	712 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	COPRS	Q9NQ92	184 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-205	ENST00000414879	TEX11	Q8IYF3	940 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	YEATS4	O95619	227 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CCDC172	P0C7W6	258 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	RPS6KB1	P23443	525 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	KRT2	P35908	639 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	NAPA	P54920	295 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	ATP2B4	P23634	1241 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	AK2	P54819	239 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CAMK4	Q16566	473 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	CACNA2D4	Q7Z3S7	1137 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	KIAA1328	Q86T90	577 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TBCA	O75347	108 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	SIK1	P57059	783 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	TIMM10	P62072	90 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-205	ENST00000414879	GBP3	Q9H0R5	595 aa		13.69	□□□□□ -0.22

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