RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 CHST5Q9GZS9 411 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 FOXJ3Q9UPW0 622 aa14.9□□□□□ -0.02
CLN3-241ENST00000635861 KIAA2026Q5HYC2 2103 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FAM230AA0A1W2PPH8 454 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MAGEB4O15481 346 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 IGHV1-8P0DP01 117 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 HTR1FP30939 366 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 EMX1Q04741 257 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 BEAN1Q3B7T3 259 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SAMD5Q5TGI4 173 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FOXB2Q5VYV0 432 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 LHFPL4Q7Z7J7 247 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 PP6455Q8WZ26 134 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ZNF714Q96N38 554 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 IL4I1Q96RQ9 567 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ADI1Q9BV57 179 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MTCH1Q9NZJ7 389 aa14.89□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 A0A087WXM4 84 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 hADV38S2A0JD32 116 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MEGF11A6BM72 1044 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 A6NIN4 97 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 METTL15A6NJ78 407 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 H3BUI4 141 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 XPNPEP2O43895 674 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FBXO24O75426 580 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 RPP14O95059 124 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 UBCP0CG48 685 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 VSIG10L2P0DP72 767 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 PIPP12273 146 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 EPHA2P29317 976 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 EDDM3BP56851 147 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 CNN3Q15417 329 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 UBE2V2Q15819 145 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 KCTD21Q4G0X4 260 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MINOS1Q5TGZ0 78 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 DNAAF1Q8NEP3 725 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 OR4S1Q8NGB4 309 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 TRMT10AQ8TBZ6 339 aaKnown RBP14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 BORCS8Q96FH0 119 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 PRSS22Q9GZN4 317 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ZNF702PQ9H963 129 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SERTAD4Q9NUC0 356 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 LINC00312Q9Y6C7 94 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MINOS1-NBL1R4GNA1 71 aa14.88□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 A6NDX4 124 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 M0R129 80 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 MITFO75030 526 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ALDOBP05062 364 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 PAX6P26367 422 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 OR12D2P58182 307 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FAM189A2Q15884 450 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SSX6Q7RTT6 188 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 TSPAN14Q8NG11 270 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 OR8J1Q8NGP2 316 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 RFKQ969G6 155 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 NKX3-1Q99801 234 aaPredicted RBP14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD60Q9BZ19 345 aa14.87□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PQL4 384 aaPredicted RBP14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 G3V4G9 280 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 CYB5AP00167 134 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 AZGP1P25311 298 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 RBP2P50120 134 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SSX2Q16385 188 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FBLN7Q53RD9 439 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 NDUFA11Q86Y39 141 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 EGFL6Q8IUX8 553 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 BATF2Q8N1L9 274 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 DYNAPQ8N1N2 210 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 WIPF2Q8TF74 440 aaPredicted RBP14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 CNBD2Q96M20 576 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 TBX5Q99593 518 aa14.86□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 DNAH3Q8TD57 4116 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 IGKV1-27A0A075B6S5 117 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 CCDC160A6NGH7 325 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ERP29P30040 261 aaKnown RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ATP1B3P54709 279 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ACTA2P62736 377 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ACTG2P63267 376 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ACTC1P68032 377 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ACTA1P68133 377 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 ZNF146Q15072 292 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 CCBE1Q6UXH8 406 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A26Q70HW3 274 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 FAM220AQ7Z4H9 259 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 C11orf44Q8N8P7 122 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 OR4F17Q8NGA8 305 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 EMG1Q92979 244 aaKnown RBP14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SLAMF9Q96A28 289 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 RDH12Q96NR8 316 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 OR4F4Q96R69 305 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 GABARAPL3Q9BY60 117 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 GLS2Q9UI32 602 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SESN1Q9Y6P5 492 aa14.85□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 TRBV2A0A0J9YWF9 115 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 F8VVB4 439 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 F8VWA3 439 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 PEX14O75381 377 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 HAND1O96004 215 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 TFAP2AP05549 437 aa14.84□□□□□ -0.03
CLN3-241ENST00000635861 SMIM18P0DKX4 95 aa14.84□□□□□ -0.03
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 54 ms