RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	GAL	P22466	123 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF93	P35789	620 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RPS25	P62851	125 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPA0	Q13151	305 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DMRTC1	Q5HYR2	192 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PRAMEF6	Q5VXH4	476 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM42	Q69YG0	159 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HAGHL	Q6PII5	290 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FIP1L1	Q6UN15	594 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GDPGP1	Q6ZNW5	385 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GPR141	Q7Z602	305 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SCCPDH	Q8NBX0	429 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR13C5	Q8NGS8	318 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF420	Q8TAQ5	688 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RPL3L	Q92901	407 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MUL1	Q969V5	352 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GAL3ST1	Q99999	423 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ELL3	Q9HB65	397 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SNTG1	Q9NSN8	517 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	AP5S1	Q9NUS5	200 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NDUFB11	Q9NX14	153 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R4	Q9NYW5	299 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DNAJB11	Q9UBS4	358 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF69	Q9UC07	566 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GLS2	Q9UI32	602 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	STUB1	Q9UNE7	303 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ING4	Q9UNL4	249 aa		7.28	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TRAV38-1	A0A0B4J264	116 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		A0A0G2JK05	382 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LOC100506127	A0A0U1RQW1	187 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PQLC2L	A1A4F0	135 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA2	O43678	99 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NOL3	O60936	208 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GPX5	O75715	221 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PLAT	P00750	562 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FSHB	P01225	129 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CSTB	P04080	98 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GLRA1	P23415	457 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PRTN3	P24158	256 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CALR	P27797	417 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RBMX	P38159	391 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	POU3F4	P49335	361 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GMFB	P60983	142 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RPS11	P62280	158 aa	Known RBP eCLIP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FABP5	Q01469	135 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	BAMBI	Q13145	260 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RSU1	Q15404	277 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KISS1	Q15726	138 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MICB	Q29980	383 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF181	Q2M3W8	571 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM76B	Q5HYJ3	339 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM255A	Q5JRV8	349 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DDI2	Q5TDH0	399 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ANGPTL5	Q86XS5	388 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CDH26	Q8IXH8	852 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	JAGN1	Q8N5M9	183 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR10Z1	Q8NGY1	313 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LRRC29	Q8WV35	223 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RGP1	Q92546	391 aa	Predicted RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMIGD2	Q96BF3	282 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C1orf147	Q96MC9	270 aa	Predicted RBP	7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KCTD7	Q96MP8	289 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DERL3	Q96Q80	235 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PKIB	Q9C010	78 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FAM192A	Q9GZU8	254 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR51I2	Q9H344	312 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R3E	Q9H7J1	279 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RASL12	Q9NYN1	266 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NPTN	Q9Y639	398 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PLXNB1	O43157	2135 aa		7.27	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TRBV5-7	A0A0A0MS05	114 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM178B	H3BS89	294 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		J3QT63	122 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AIRE	O43918	545 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF780A	O75290	641 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NXPH2	O95156	264 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CYB5R3	P00387	301 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	UCHL1	P09936	223 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MDK	P21741	143 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OMG	P23515	440 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RPL5	P46777	297 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SRSF4	Q08170	494 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IL24	Q13007	206 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF154	Q13106	437 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PDZK1IP1	Q13113	114 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GPR176	Q14439	515 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MPPED2	Q15777	294 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SSX1	Q16384	188 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C22orf42	Q6IC83	251 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZNF826P	Q6ZT77	177 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A26	Q70HW3	274 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		Q8IYB0	196 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MUC20	Q8N307	709 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NKAIN3	Q8N8D7	197 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DEFB108B	Q8NET1	73 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		Q8TCH9	128 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TNFAIP8L1	Q8WVP5	186 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RFT1	Q96AA3	541 aa		7.26	□□□□□ -1.25

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