RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	SOX2	P48431	317 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MMP15	P51511	669 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FUT6	P51993	359 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ATP1B3	P54709	279 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM33	P57088	247 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PPP3R1	P63098	170 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CNN3	Q15417	329 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR8B8	Q15620	311 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NEDD8	Q15843	81 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		Q499Y3	187 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	LIPK	Q5VXJ0	399 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	BPIFB2	Q8N4F0	458 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR5A2	Q8NGI9	324 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ERGIC1	Q969X5	290 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CPNE2	Q96FN4	548 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ADAT1	Q9BUB4	502 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF747	Q9BV97	191 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMED9	Q9BVK6	235 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF696	Q9H7X3	374 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FN3KRP	Q9HA64	309 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R3C	Q9UQK1	317 aa		7.33	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FAM230A	A0A1W2PPH8	454 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD61	A6NGH8	418 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A6NLC8	198 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM210	A6NLX4	147 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NOTO	A8MTQ0	251 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF732	B4DXR9	585 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		F5H5P2	479 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		H0YL77	283 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CCRL2	O00421	344 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SHOX	O15266	292 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RP2	O75695	350 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF205	O95201	554 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-46	P01743	117 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CPE	P16870	476 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RAB3A	P20336	220 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CCL1	P22362	96 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TGFBR2	P37173	567 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RANBP1	P43487	201 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UBA52	P62987	128 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TPBG	Q13641	420 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CEACAM21	Q3KPI0	293 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MIDN	Q504T8	468 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ACSM3	Q53FZ2	586 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CEP78	Q5JTW2	689 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	UBE2U	Q5VVX9	321 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	DCAF12L2	Q5VW00	463 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	C1QL2	Q7Z5L3	287 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CEACAM19	Q7Z692	300 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF573	Q86YE8	665 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	C1orf87	Q8N0U7	546 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CELF2-AS1	Q8N7Q2	184 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF485	Q8NCK3	441 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR10AD1	Q8NGE0	317 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF671	Q8TAW3	534 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NANP	Q8TBE9	248 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CCL17	Q92583	94 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TAF15	Q92804	592 aa	Known RBP eCLIP	7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TMEM203	Q969S6	136 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	BORCS8	Q96FH0	119 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TIMD4	Q96H15	378 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR2V2	Q96R30	315 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GPER1	Q99527	375 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	S100A13	Q99584	98 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZCCHC4	Q9H5U6	513 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF665	Q9H7R5	613 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	TCF7L1	Q9HCS4	588 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GPR173	Q9NS66	373 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GSTK1	Q9Y2Q3	226 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	SIRT4	Q9Y6E7	314 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	NOTCH1	P46531	2555 aa		7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	7.32	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-69-2	A0A0G2JMI3	117 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A0A0G2JMP0	313 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		A0A0X1KG70	313 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	hCG_1807616	A0A1W2PRN6	198 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN5B	A6NJL1	495 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	OR5B21	A6NL26	309 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZNF879	B4DU55	563 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ARL6IP5	O75915	188 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	LALBA	P00709	142 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	IGLV3-1	P01715	115 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CD55	P08174	381 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ADH4	P08319	380 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HCK	P08631	526 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	HKR1	P10072	659 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ATF1	P18846	271 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ACKR3	P25106	362 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ZFP36	P26651	326 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GABRA5	P31644	462 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CD200	P41217	278 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	CRYBB2	P43320	205 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	RBP2	P50120	134 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	MTCP1	P56278	107 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	GNG3	P63215	75 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	FOXL1	Q12952	345 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD39	Q53RE8	183 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520	XAF1	Q6GPH4	301 aa		7.31	□□□□□ -1.24
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZR03	302 aa		7.31	□□□□□ -1.24

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