RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CYSLTR2	Q9NS75	346 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	BABAM2	Q9NXR7	383 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PTTG3P	Q9NZH4	202 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR52A1	Q9UKL2	312 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	COPS3	Q9UNS2	423 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PCDHGB5	Q9Y5G0	923 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		R4GMQ9	66 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		H3BSA7	217 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		J3QRE1	110 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MAGEB4	O15481	346 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TPD52L2	O43399	206 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRPS14	O60783	128 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NGF	P01138	241 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CDK1	P06493	297 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ADRA2A	P08913	450 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A1	P11166	492 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF12	P17014	697 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	WNT5A	P41221	380 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	EVX1	P49640	407 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DVL1P1	P54792	670 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR12D2	P58182	307 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF85	Q03923	595 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	EFNB3	Q15768	340 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RSPO1	Q2MKA7	263 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CDON	Q4KMG0	1287 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SPATA46	Q5T0L3	261 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MYPOP	Q86VE0	399 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GLCCI1	Q86VQ1	547 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SYS1	Q8N2H4	156 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FTMT	Q8N4E7	242 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PAQR4	Q8N4S7	273 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SGMS2	Q8NHU3	365 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	KLF14	Q8TD94	323 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NEU4	Q8WWR8	484 aa	Predicted RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	C4orf36	Q96KX1	117 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H2AA	Q96QV6	131 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SIGLEC11	Q96RL6	698 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MND1	Q9BWT6	205 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PBOV1	Q9GZY1	135 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	COMMD4	Q9H0A8	199 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RGCC	Q9H4X1	137 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MOB1A	Q9H8S9	216 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DYNLRB1	Q9NP97	96 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TAAR3P	Q9P1P4	343 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ERVK-18	Q9QC07	812 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF391	Q9UJN7	358 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FZR1	Q9UM11	496 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	KLHDC2	Q9Y2U9	406 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF281	Q9Y2X9	895 aa		7.41	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		A0A0A6YYJ9	748 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TRBV2	A0A0J9YWF9	115 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GVI7	797 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMEM129	A0AVI4	362 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMEM89	A2RUT3	159 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD30BL	A7E2S9	258 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		B4DSR2	109 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FAM157A	C9JC47	383 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TNFAIP8	O95379	198 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SERPINA3	P01011	423 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF250	P15622	560 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TNFSF4	P23510	183 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CRHBP	P24387	322 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DDOST	P39656	456 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PSMB10	P40306	273 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ETV1	P50549	477 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R43	P59537	309 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RIN1	Q13671	783 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MED22	Q15528	200 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CCDC58	Q4VC31	144 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZMAT1	Q5H9K5	638 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMEM244	Q5VVB8	128 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MBNL2	Q5VZF2	373 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SSX6	Q7RTT6	188 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PRSS48	Q7RTY5	328 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PEG10	Q86TG7	708 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF101	Q8IZC7	436 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF676	Q8N7Q3	588 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CCDC54	Q8NEL0	328 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ITFG2	Q969R8	447 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SGK3	Q96BR1	496 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HAVCR1	Q96D42	359 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MARS2	Q96GW9	593 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	REEP6	Q96HR9	211 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DIRC2	Q96SL1	478 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SYT3	Q9BQG1	590 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	JAM3	Q9BX67	310 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	VCX3A	Q9NNX9	186 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TRIM36	Q9NQ86	728 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DECR2	Q9NUI1	292 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TMEM100	Q9NV29	134 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HIF1AN	Q9NWT6	349 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NKIRAS2	Q9NYR9	191 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PCDHB10	Q9UN67	800 aa		7.4	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LRCH1	Q9Y2L9	728 aa		7.4	□□□□□ -1.22

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