RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	DAO	P14920	347 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SELE	P16581	610 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CALCR	P30988	508 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DCTD	P32321	178 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CX3CR1	P49238	355 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CHN2	P52757	468 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SNTB2	Q13425	540 aa	Known RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GALE	Q14376	348 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ADIPOQ	Q15848	244 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TIGD6	Q17RP2	521 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LRRN1	Q6UXK5	716 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	KLHL36	Q8N4N3	616 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	C3orf56	Q8N813	242 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LINC01356	Q8N9X3	169 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NUP37	Q8NFH4	326 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR52H1	Q8NGJ2	320 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SYNPR	Q8TBG9	265 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HAVCR2	Q8TDQ0	301 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ST7L	Q8TDW4	575 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	APH1B	Q8WW43	257 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SLC7A6	Q92536	515 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF75A	Q96N20	296 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR8B4	Q96RC9	309 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RAB1B	Q9H0U4	201 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR10A2	Q9H208	303 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NOX3	Q9HBY0	568 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FGF20	Q9NP95	211 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SLCO1C1	Q9NYB5	712 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SNX5	Q9Y5X3	404 aa		7.44	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		B9A039	149 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MYL12B	O14950	172 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	XRCC2	O43543	280 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	XPNPEP2	O43895	674 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ERCC1	P07992	297 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RPSA	P08865	295 aa	Known RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HTR1A	P08908	422 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DBH	P09172	617 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ACSM4	P0C7M7	580 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CFL1	P23528	166 aa	Known RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	THBS4	P35443	961 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OPRL1	P41146	370 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CDH15	P55291	814 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PPP1CB	P62140	327 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ROM1	Q03395	351 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	AHSA2	Q719I0	299 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	FAM57B	Q71RH2	274 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	COMMD2	Q86X83	199 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SEMA6D	Q8NFY4	1073 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ALG8	Q9BVK2	526 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TTTY10	Q9BZA0	68 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PLK3	Q9H4B4	646 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NARFL	Q9H6Q4	476 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LPAR2	Q9HBW0	351 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PSORS1C1	Q9UIG5	152 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DIMT1	Q9UNQ2	313 aa	Known RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MYRF	Q9Y2G1	1151 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	STARD10	Q9Y365	291 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CAB39	Q9Y376	341 aa	Predicted RBP	7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LRRC42	Q9Y546	428 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LRP12	Q9Y561	859 aa		7.43	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TANC2	Q9HCD6	1990 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPW3	197 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PLSCR5	A0PG75	271 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GGT3P	A6NGU5	568 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LOC110117498-PIK3R3	F6TDL0	507 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SLC1A7	O00341	560 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	RGS10	O43665	173 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TIMM8A	O60220	97 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MTRF1	O75570	445 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GIF	P27352	417 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	LIPA	P38571	399 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PPOX	P50336	477 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	KLF3	P57682	345 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF121	P58317	390 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	HGFAC	Q04756	655 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF124	Q15973	351 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	GFOD2	Q3B7J2	385 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TP53I3	Q53FA7	332 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	BCL2L15	Q5TBC7	163 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PGAP1	Q75T13	922 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MRPL21	Q7Z2W9	205 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	NAA40	Q86UY6	237 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A40	Q8TBP6	338 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	SPRYD4	Q8WW59	207 aa	Predicted RBP	7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	CMBL	Q96DG6	245 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	AMELY	Q99218	206 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	DOK1	Q99704	481 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF5	Q9BXJ0	243 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OR2J1	Q9GZK6	312 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	TPK1	Q9H3S4	243 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	MS4A5	Q9H3V2	200 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	OPA3	Q9H6K4	179 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		7.42	□□□□□ -1.22
USP4-213	ENST00000488520	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22

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