RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	29.02	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		29.02	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	RNF186	Q9NXI6	227 aa		29.02	■■■□□ 2.24
USP4-208	ENST00000464168	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	CSRNP1	Q96S65	589 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	PSME4	Q14997	1843 aa		29.01	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	TRPA1	O75762	1119 aa		29	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	29	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	DACT2	Q5SW24	774 aa		29	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	MXD3	Q9BW11	206 aa		29	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	29	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	FKBP1B	P68106	108 aa		28.99	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		28.99	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	GCKR	Q14397	625 aa		28.98	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		28.98	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		28.98	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		28.98	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	COA1	Q9GZY4	146 aa		28.98	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	IL16	Q14005	1332 aa		28.97	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		28.97	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	IGHMBP2	P38935	993 aa	Known RBP	28.96	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	CASP7	P55210	303 aa		28.96	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	FLII	Q13045	1269 aa		28.96	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		28.96	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	MOB2	Q70IA6	237 aa		28.96	■■■□□ 2.23
USP4-208	ENST00000464168	ITGA6	P23229	1130 aa		28.95	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		28.95	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	OGFOD1	Q8N543	542 aa		28.95	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	MYH3	P11055	1940 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	CSF1R	P07333	972 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	28.94	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	FBXW7	Q969H0	707 aa		28.94	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	WNT10B	O00744	389 aa		28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	KLRK1	P26718	216 aa		28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD2	Q9GZV1	360 aa		28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		28.93	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	PAPPA2	Q9BXP8	1791 aa		28.92	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	LINS1	Q8NG48	757 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	SPEF2	Q9C093	1822 aa		28.91	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		28.9	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	VAMP4	O75379	141 aa		28.89	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	MMP14	P50281	582 aa		28.89	■■■□□ 2.22
USP4-208	ENST00000464168	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	SASH1	O94885	1247 aa		28.88	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	CHRND	Q07001	517 aa		28.88	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		28.88	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	GTF2I	P78347	998 aa		28.86	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	KIAA0825	Q8IV33	1275 aa		28.86	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	TTLL12	Q14166	644 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	28.85	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	SNAP23	O00161	211 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	NF2	P35240	595 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	KCNJ4	P48050	445 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	WDR63	Q8IWG1	891 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	CD209	Q9NNX6	404 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	TNRC18	O15417	2968 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	FOXO4	P98177	505 aa		28.83	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	MRS2	Q9HD23	443 aa		28.83	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
USP4-208	ENST00000464168	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168		F6X3S4	739 aa		28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	TAF5L	O75529	589 aa		28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	TM4SF4	P48230	202 aa		28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	TBC1D8	O95759	1140 aa		28.8	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	28.8	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	BEND3	Q5T5X7	828 aa		28.8	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	CERS5	Q8N5B7	392 aa		28.8	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	28.78	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	PRKG1	Q13976	671 aa		28.78	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		28.78	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	SOX10	P56693	466 aa		28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	DLGAP5	Q15398	846 aa		28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	LDLRAD1	Q5T700	205 aa		28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	CACNA1F	O60840	1977 aa		28.77	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		28.76	■■■□□ 2.2
USP4-208	ENST00000464168	IL1R1	P14778	569 aa		28.76	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	EPHA10	Q5JZY3	1008 aa		28.76	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		28.76	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		28.76	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		28.76	■■■□□ 2.19
USP4-208	ENST00000464168	SLC34A2	O95436	690 aa		28.75	■■■□□ 2.19

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