RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	VGLL2	Q8N8G2	317 aa		10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	RGS22	Q8NE09	1264 aa		10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	RTL9	Q8NET4	1388 aa		10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		10.49	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	A1BG	P04217	495 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP21A2	P08686	494 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	REST	Q13127	1097 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	GTF3C6	Q969F1	213 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ZKSCAN5	Q9Y2L8	839 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	UBN2	Q6ZU65	1347 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ZMYM1	Q5SVZ6	1142 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC183	Q5T5S1	534 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB22	O15209	634 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	TTLL7	Q6ZT98	887 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX60L	Q5H9U9	1706 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	NID2	Q14112	1375 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC6	Q86TZ1	520 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	GPATCH3	Q96I76	525 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXO3	Q9UK99	471 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	LARP6	Q9BRS8	491 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		10.47	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0G2JLW4	131 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	MYL6B	P14649	208 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC191	Q8NCU4	936 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	NBPF3	Q9H094	633 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	HELLS	Q9NRZ9	838 aa		10.46	□□□□□ -0.73
SYNE1-215	ENST00000460912	RXRB	P28702	533 aa		10.46	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	10.46	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	SEC62	Q99442	399 aa	Known RBP	10.46	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	TSPY26P	Q9H489	355 aa		10.46	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	PFKFB2	O60825	505 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	PGBD1	Q96JS3	809 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	HLF	Q16534	295 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	NECAB1	Q8N987	351 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	NKX2-3	Q8TAU0	364 aa		10.45	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	MYH2	Q9UKX2	1941 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	MAST3	O60307	1309 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	SCRN1	Q12765	414 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	RPS6KA4	O75676	772 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	ANKRD1	Q15327	319 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	LRRC24	Q50LG9	513 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM182B	Q5T319	152 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNF1	Q9H3M0	494 aa		10.44	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR19	Q8NEZ3	1342 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	PSMA5	P28066	241 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFB9	Q9Y6M9	179 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A087WZG4	1122 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	TCIRG1	Q13488	830 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC129	Q6ZRS4	1044 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	SIL1	Q9H173	461 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R2C6	588 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	EYA2	O00167	538 aa		10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	10.43	□□□□□ -0.74
SYNE1-215	ENST00000460912	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		10.43	□□□□□ -0.74

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.4 ms