RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP32	A7KAX9	2087 aa		7.53	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1D-43	A0A0B4J1Z2	117 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TVP23A	A6NH52	213 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520		H7C417	338 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MPZL1	O95297	269 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TGFA	P01135	160 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HLA-H	P01893	362 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CRYAA	P02489	173 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SPARC	P09486	303 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HNF1A	P20823	631 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CCNO	P22674	350 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PTAFR	P25105	342 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ENTPD1	P49961	510 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PDLIM4	P50479	330 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EFNA4	P52798	201 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SNRPG	P62308	76 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GALK2	Q01415	458 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	AQP6	Q13520	282 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KLHL22	Q53GT1	634 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TMEM154	Q6P9G4	183 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IZUMO2	Q6UXV1	221 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	WDR31	Q8NA23	367 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	THEM6	Q8WUY1	208 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NRG4	Q8WWG1	115 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZMYND19	Q96E35	227 aa	Predicted RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FBXO17	Q96EF6	278 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MRPL48	Q96GC5	212 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	INTS14	Q96SY0	518 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	DDO	Q99489	341 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PITX2	Q99697	317 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF416	Q9BWM5	594 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NMNAT2	Q9BZQ4	307 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EMC7	Q9NPA0	242 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HINT3	Q9NQE9	182 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PLEK2	Q9NYT0	353 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LAMP5	Q9UJQ1	280 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RPL36	Q9Y3U8	105 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A15	Q9Y619	301 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TMEM14A	Q9Y6G1	99 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PMF1-BGLAP	U3KQ54	211 aa		7.52	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IGLV1-36	A0A0B4J1U3	117 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-61	A0A0C4DH41	118 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	IRGM	A1A4Y4	181 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF670-ZNF695	F2Z2N8	137 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	DCTN6	O00399	190 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SGCE	O43556	437 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CSF3	P09919	207 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PATE4	P0C8F1	98 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CLU	P10909	449 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RAC2	P15153	192 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF32	P17041	273 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	HTR1F	P30939	366 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	NR4A2	P43354	598 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLC15A1	P46059	708 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GDI2	P50395	445 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	AQP4	P55087	323 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CSNK2B	P67870	215 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TUBA1B	P68363	451 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TUBA4A	P68366	448 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ADARB1	P78563	741 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EGR3	Q06889	387 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ECH1	Q13011	328 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MED21	Q13503	144 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	EIF2B1	Q14232	305 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RAB39A	Q14964	217 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D28	Q2M2D7	210 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CR1L	Q2VPA4	569 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A30	Q5SVS4	291 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF691	Q5VV52	312 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KRT80	Q6KB66	452 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	KCTD18	Q6PI47	426 aa	Predicted RBP	7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	C12orf54	Q6X4T0	127 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FOXL2NB	Q6ZUU3	175 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TUBA1A	Q71U36	451 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	MDP1	Q86V88	176 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RHOXF1	Q8NHV9	184 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TFAP2C	Q92754	450 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SORCS2	Q96PQ0	1159 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PIMREG	Q9BSJ6	248 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SOX7	Q9BT81	388 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CDH20	Q9HBT6	801 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CENPM	Q9NSP4	180 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	CHCHD3	Q9NX63	227 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SCN3B	Q9NY72	215 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ASH2L	Q9UBL3	628 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	RAB26	Q9ULW5	256 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	UGT2A1	Q9Y4X1	527 aa		7.51	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	LRP5L	A4QPB2	252 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ZNF503-AS2	A6NEH8	195 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	VWC2L	B2RUY7	222 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V1G2-DDX39B	F2Z307	99 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	PHYH	O14832	338 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	SPRY1	O43609	319 aa	Predicted RBP	7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	TCF21	O43680	179 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	ENTPD6	O75354	484 aa		7.5	□□□□□ -1.21
USP4-213	ENST00000488520	GPANK1	O95872	356 aa		7.5	□□□□□ -1.21

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