RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	GNB1	P62873	340 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TP53I13	Q8NBR0	393 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RIMS4	Q9H426	269 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM212B	Q9NTI7	297 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA1456	Q9P272	454 aa		11.94	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	XRCC2	O43543	280 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CSF3	P09919	207 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	IL9	P15248	144 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PIGA	P37287	484 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RAC1	P63000	192 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35A2	P78381	396 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXF1	Q12946	379 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5M9	Q8NGP3	310 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC22A	Q96IW7	307 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	BTF3L4	Q96K17	158 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SAMD10	Q9BYL1	202 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PLA2G3	Q9NZ20	509 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLCO1B1	Q9Y6L6	691 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KLK8	O60259	260 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ISL1	P61371	349 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNIP4	Q6PIL6	250 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TEX261	Q6UWH6	196 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CMC2	Q9NRP2	79 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447		U3KQ87	197 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LGALS8	O00214	317 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	DSCR4	P56555	118 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	INSM1	Q01101	510 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LHFPL2	Q6ZUX7	228 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CATSPERD	Q86XM0	798 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PRRX2	Q99811	253 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TJP1	Q07157	1748 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NPY4R	P50391	375 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN20	P56880	219 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TFF2	Q03403	129 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	IL11RA	Q14626	422 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF766	Q5HY98	468 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	H2BFWT	Q7Z2G1	175 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF573	Q86YE8	665 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS35	Q8N3Z0	413 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LRFN5	Q96NI6	719 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	C19orf43	Q9BQ61	176 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM173A	Q9BQD7	235 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	S1PR5	Q9H228	398 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SERGEF	Q9UGK8	458 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM96B	Q9Y3D0	163 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	HDGFL3	Q9Y3E1	203 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2W5	A6NFC9	320 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	AADAC	P22760	399 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NAA40	Q86UY6	237 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SIAH3	Q8IW03	269 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	HPSE2	Q8WWQ2	592 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A46	Q96AG3	418 aa		11.93	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TRGV5	A0A0B4J1U4	118 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0B4J2A0	478 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS37	A4D1T9	235 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SUMO3	P55854	103 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIP6	Q15654	476 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LAIR1	Q6GTX8	287 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2A2	Q6IF42	318 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447		Q7L0L9	218 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF561	Q8N587	486 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	REEP6	Q96HR9	211 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ATF6B	Q99941	703 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TXNIP	Q9H3M7	391 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SHPK	Q9UHJ6	478 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ETHE1	O95571	254 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	NRAS	P01111	189 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	B4GALT1	P15291	398 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FABP6	P51161	128 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SUB1	P53999	127 aa	Known RBP eCLIP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SHB	Q15464	509 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM99	Q8N816	258 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OPA3	Q9H6K4	179 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	P4HTM	Q9NXG6	502 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	AKR7A2	O43488	359 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CALCB	P10092	127 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FZD2	Q14332	565 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM199X	Q6PEV8	388 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	MDGA2	Q7Z553	956 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM217	Q8N7C4	229 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52N5	Q8NH56	324 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51H1	Q8NH63	302 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	YIPF6	Q96EC8	236 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNIP2	Q9NS61	270 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CYTIP	O60759	359 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC2A10	O95528	541 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP1B1	P05026	303 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CPEB4	Q17RY0	729 aa	Known RBP eCLIP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PLXDC2	Q6UX71	529 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LGI3	Q8N145	548 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC30A7	Q8NEW0	376 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	BCL2L10	Q9HD36	194 aa		11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKUB1	A6NFN9	424 aa		11.91	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CLINT1	Q14677	625 aa		11.91	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	EBP	Q15125	230 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5

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