RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	VSX1	Q9NZR4	365 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LPAR3	Q9UBY5	353 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEFF2	Q9UIK5	374 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	POU2F3	Q9UKI9	436 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	B9D1	Q9UPM9	204 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MOK	Q9UQ07	419 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	COA3	Q9Y2R0	106 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	AMDHD2	Q9Y303	409 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FKBP7	Q9Y680	259 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	WNK2	Q9Y3S1	2297 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PR80	420 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZAR1L	A6NP61	321 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C12orf71	A8MTZ7	269 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		E7EQL1	145 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SURF4	O15260	269 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC2A10	O95528	541 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SNAP29	O95721	258 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RAB36	O95755	333 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PTH	P01270	115 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A16	P16260	332 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PEX2	P28328	305 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TTK	P33981	857 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ARR3	P36575	388 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GDNF	P39905	211 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	VHL	P40337	213 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HSPA13	P48723	471 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FABP6	P51161	128 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF83	P51522	516 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DSCR9	P59020	149 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SNCB	Q16143	134 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GABRA6	Q16445	453 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KCNMB1	Q16558	191 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PHYHD1	Q5SRE7	291 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C10orf128	Q5T292	105 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLX4IP	Q5VYV7	408 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C11orf71	Q6IPW1	123 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A25	Q6T423	547 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN2	Q7Z7L9	614 aa	Predicted RBP	7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FBXL14	Q8N1E6	418 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MUC15	Q8N387	334 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LRRC18	Q8N456	261 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C17orf78	Q8N4C9	275 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC22A24	Q8N4F4	322 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CYB561A3	Q8NBI2	242 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NPEPL1	Q8NDH3	523 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SETD9	Q8NE22	299 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR8J1	Q8NGP2	316 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR1K1	Q8NGR3	316 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR6K6	Q8NGW6	343 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR4Q3	Q8NH05	313 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR52N5	Q8NH56	324 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RFK	Q969G6	155 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IL4I1	Q96RQ9	567 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KCNS3	Q9BQ31	491 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	WAC	Q9BTA9	647 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GABARAPL3	Q9BY60	117 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NELFA	Q9H3P2	528 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FN3K	Q9H479	309 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OBP2B	Q9NPH6	170 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CBLN4	Q9NTU7	201 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM118A	Q9NWS6	357 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CLN6	Q9NWW5	311 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM160	Q9NX00	188 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FBXL3	Q9UKT7	428 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	POLR1D	Q9Y2S0	133 aa		7.56	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IQCM	A0A1B0GVH7	501 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR6C68	A6NDL8	312 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR5H1	A6NKK0	313 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	VSTM5	A8MXK1	200 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		H0YJX3	145 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	UBL3	O95164	117 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ITGA5	P08648	1049 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MSR1	P21757	451 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CDA	P32320	146 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GGT2	P36268	569 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	POLR2I	P36954	125 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PTDSS1	P48651	473 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A1	P53007	311 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RAB1A	P62820	205 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MRPS34	P82930	218 aa	Known RBP	7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IL5RA	Q01344	420 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HSF2	Q03933	536 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FMOD	Q06828	376 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PIGF	Q07326	219 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CRMP1	Q14194	572 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GGTLC2	Q14390	218 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TBRG1	Q3YBR2	411 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NRN1L	Q496H8	165 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HIKESHI	Q53FT3	197 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC35D3	Q5M8T2	416 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LCN1P1	Q5VSP4	162 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MEDAG	Q5VYS4	303 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM166A	Q6J272	317 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PLBD1	Q6P4A8	553 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	B3GLCT	Q6Y288	498 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CPO	Q8IVL8	374 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GID4	Q8IVV7	300 aa		7.55	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR6V1	Q8N148	313 aa		7.55	□□□□□ -1.2

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