RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PGA3	P0DJD8	388 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR8G3P	P0DMU2	310 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF823	P16415	610 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SRD5A1	P18405	259 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CDKN2A	P42771	156 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	BLVRA	P53004	296 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RPS7	P62081	194 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ARF1	P84077	181 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CDK5	Q00535	292 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FHL1	Q13642	323 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PPA1	Q15181	289 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RAB35	Q15286	201 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	AGAP6	Q5VW22	663 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM236	Q5W0B7	351 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TTC23	Q5W5X9	447 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CYB5R2	Q6BCY4	276 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ACSM5	Q6NUN0	579 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM53	Q6P2H8	277 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD16	Q6P6B7	361 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NHLRC1	Q6VVB1	395 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF813	Q6ZN06	617 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DTX2	Q86UW9	622 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TMEM123	Q8N131	208 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DHRSX	Q8N5I4	330 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF433	Q8N7K0	673 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NOXO1	Q8NFA2	376 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PROKR2	Q8NFJ6	384 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR2T4	Q8NH00	348 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF519	Q8TB69	540 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TRUB1	Q8WWH5	349 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RDH12	Q96NR8	316 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SNX18	Q96RF0	628 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC29A1	Q99808	456 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	APOL4	Q9BPW4	351 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MRPL13	Q9BYD1	178 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G12A	Q9BZM1	189 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MOV10	Q9HCE1	1003 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RPRD1B	Q9NQG5	326 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAIM	Q9NVQ4	179 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SMPD3	Q9NY59	655 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MALT1	Q9UDY8	824 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		7.58	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TENM1	Q9UKZ4	2725 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		H7C1C5	153 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CASQ2	O14958	399 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MPZL2	O60487	215 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RAD51D	O75771	328 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LY6H	O94772	140 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-31	P0DP07	118 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CD79A	P11912	226 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ZNF26	P17031	533 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IGHV1-2	P23083	117 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	EDNRA	P25101	427 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LAP3	P28838	519 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FMO3	P31513	532 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V1E1	P36543	226 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FXYD6P3	P58550	94 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PCBD1	P61457	104 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LCN6	P62502	163 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GLO1	Q04760	184 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	PLP2	Q04941	152 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	RUNX1T1	Q06455	604 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	LOXL1	Q08397	574 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SPOCK1	Q08629	439 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	HIST3H3	Q16695	136 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC36A2	Q495M3	483 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	KLHL12	Q53G59	568 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MEST	Q5EB52	335 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TIMM23B	Q5SRD1	257 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF12	Q5T7M4	302 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OGFRL1	Q5TC84	451 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A47	Q6Q0C1	308 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FAM122B	Q7Z309	247 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	DPPA2	Q7Z7J5	298 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TCEANC	Q8N8B7	351 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC37A3	Q8NCC5	494 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	C1orf162	Q8NEQ5	155 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SDR9C7	Q8NEX9	313 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR8D4	Q8NGM9	314 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR2AJ1	Q8NGZ0	328 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CYGB	Q8WWM9	190 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520		Q96MT0	163 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	MUS81	Q96NY9	551 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	ALKBH3	Q96Q83	286 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	FOXB1	Q99853	325 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NUAK2	Q9H093	628 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SYT4	Q9H2B2	425 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	OR51V1	Q9H2C8	321 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	TOR3A	Q9H497	397 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SIAE	Q9HAT2	523 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A19	Q9HC21	320 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	CMC2	Q9NRP2	79 aa		7.57	□□□□□ -1.2
USP4-213	ENST00000488520	NPAP1	Q9NZP6	1156 aa		7.57	□□□□□ -1.2

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