RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM38B	Q9NVV0	291 aa		11.23	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	LAMP5	Q9UJQ1	280 aa		11.23	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	COPS3	Q9UNS2	423 aa		11.23	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	BOD1L1	Q8NFC6	3051 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	METTL15	A6NJ78	407 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TTLL8	A6PVC2	850 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OGG1	O15527	345 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC19A2	O60779	497 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TOX	O94900	526 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	MPZL1	O95297	269 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CGA	P01215	116 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TPO	P07202	933 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CD8B	P10966	210 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	HOXB1	P14653	301 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CPE	P16870	476 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	RGS6	P49758	472 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	HCCS	P53701	268 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	MED22	Q15528	200 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2G6	Q5TZ20	316 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	LINGO2	Q7L985	606 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	DPPA2	Q7Z7J5	298 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CD163	Q86VB7	1156 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SATL1	Q86VE3	508 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD13B	Q86YJ7	626 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CCDC36	Q8IYA8	594 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF679	Q8IYX0	411 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR6N2	Q8NGY6	317 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF420	Q8TAQ5	688 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ST7L	Q8TDW4	575 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SNX33	Q8WV41	574 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF133	Q8WVZ7	376 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	GATAD2B	Q8WXI9	593 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	YIPF6	Q96EC8	236 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR8B4	Q96RC9	309 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ABHD6	Q9BV23	337 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CDADC1	Q9BWV3	514 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	RBM24	Q9BX46	236 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TAS2R16	Q9NYV7	291 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CEPT1	Q9Y6K0	416 aa		11.22	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM64B	A6NI03	449 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF587B	E7ETH6	402 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CCRL2	O00421	344 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	PLPP2	O43688	288 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TNFSF13	O75888	250 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ABHD16A	O95870	558 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	GPANK1	O95872	356 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	IL2RA	P01589	272 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR8G3P	P0DMU2	310 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	GAL	P22466	123 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	EDNRA	P25101	427 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	MPG	P29372	298 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TMBIM6	P55061	237 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OR12D2	P58182	307 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SIRPA	P78324	504 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ROR2	Q01974	943 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ENDOG	Q14249	297 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CEACAM16	Q2WEN9	425 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	GDPGP1	Q6ZNW5	385 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529		Q6ZT83	130 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SSX6	Q7RTT6	188 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	GJC3	Q8NFK1	279 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	RPS4Y2	Q8TD47	263 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SPRYD4	Q8WW59	207 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	STARD4	Q96DR4	205 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF837	Q96EG3	531 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	OPALIN	Q96PE5	141 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	DOK1	Q99704	481 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	FOXB1	Q99853	325 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SFXN3	Q9BWM7	321 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	MRO	Q9BYG7	248 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	C1orf198	Q9H425	327 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	NIPAL2	Q9H841	368 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	ISG20L2	Q9H9L3	353 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	SEC61A2	Q9H9S3	476 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	TRIM36	Q9NQ86	728 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	UPB1	Q9UBR1	384 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	MRM2	Q9UI43	246 aa	Known RBP	11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	CLEC4A	Q9UMR7	237 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529	LHFPL6	Q9Y693	200 aa		11.21	□□□□□ -0.61
TRAF4-208	ENST00000469529		A0A1W2PPL8	197 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529		E9PLN8	166 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529		H3BSA7	217 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT33A	O76009	404 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KRT8	P05787	483 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GLI4	P10075	376 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PSKH1	P11801	424 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PSMB9	P28065	219 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	CDA	P32320	146 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	LIPA	P38571	399 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	OPRL1	P41146	370 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	CCR9	P51686	369 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GBX2	P52951	348 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PCBD1	P61457	104 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	AQP6	Q13520	282 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SGCA	Q16586	387 aa		11.2	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.6 ms