RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000506437.1

ITGA3-208, Transcript of integrin subunit alpha 3, human

TSL 2

Gene ITGA3, Length 3,055 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ITGA3-208	ENST00000506437	SSFA2	P28290	1259 aa		13.9	□□□□□ -0.18
ITGA3-208	ENST00000506437	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		13.9	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CTSW	P56202	376 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	NUCB1	Q02818	461 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	POLA2	Q14181	598 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	SASH1	O94885	1247 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	SERPINB2	P05120	415 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PDZRN4	Q6ZMN7	1036 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	COL4A1	P02462	1669 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TAF5L	O75529	589 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TFCP2	Q12800	502 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CNBD1	Q8NA66	436 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CCDC94	Q9BW85	323 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	BRD2	P25440	801 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TIMM10	P62072	90 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PDE8A	O60658	829 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TPTE2	Q6XPS3	522 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	RREB1	Q92766	1687 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	OLFM4	Q6UX06	510 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	GCC1	Q96CN9	775 aa		13.87	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PARP10	Q53GL7	1025 aa		13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		13.86	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	BECN1	Q14457	450 aa		13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	AACS	Q86V21	672 aa		13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	IBTK	Q9P2D0	1353 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ADRA2B	P18089	450 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	TM4SF1	P30408	202 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	MTX1	Q13505	466 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	SPDYE4	A6NLX3	237 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	KIF20A	O95235	890 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	ATP2B3	Q16720	1220 aa		13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
ITGA3-208	ENST00000506437	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	NLRP3	Q96P20	1036 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	ANKRD18B	A2A2Z9	1011 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CSF1R	P07333	972 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CHRNA5	P30532	468 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	RGS22	Q8NE09	1264 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	SCN7A	Q01118	1682 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	ADORA1	P30542	326 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	METTL24	Q5JXM2	366 aa		13.82	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CHGB	P05060	677 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	KIF1BP	Q96EK5	621 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	EYA2	O00167	538 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	COPRS	Q9NQ92	184 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	NYX	Q9GZU5	481 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	PI16	Q6UXB8	463 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	RILPL2	Q969X0	211 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	SNRK	Q9NRH2	765 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	JAG2	Q9Y219	1238 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	SPEF2	Q9C093	1822 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		13.79	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
ITGA3-208	ENST00000506437	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		13.79	□□□□□ -0.2

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