RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CLDN17	P56750	224 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	ELF3	P78545	371 aa	Predicted RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	POU3F1	Q03052	451 aa	Predicted RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SLC17A1	Q14916	467 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	GUSBP1	Q15486	140 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TSC22D1	Q15714	1073 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RFX4	Q33E94	735 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PGBD2	Q6P3X8	592 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	NIPAL3	Q6P499	406 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SMARCD3	Q6STE5	483 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	CREB3L2	Q70SY1	520 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SLC35D2	Q76EJ3	337 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	MEX3D	Q86XN8	651 aa	Known RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	GPR137C	Q8N3F9	429 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OR9K2	Q8NGE7	335 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OR4C15	Q8NGM1	316 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OR6K3	Q8NGY3	331 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	DNAJC9	Q8WXX5	260 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	FBXW5	Q969U6	566 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	EME1	Q96AY2	570 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	APH1A	Q96BI3	265 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	ADAD1	Q96M93	576 aa	Known RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RBP7	Q96R05	134 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PKP2	Q99959	881 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PSD2	Q9BQI7	771 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TMEM204	Q9BSN7	226 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	C9orf16	Q9BUW7	83 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	IFT27	Q9BW83	186 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SLCO5A1	Q9H2Y9	848 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	BCO1	Q9HAY6	547 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PLSCR4	Q9NRQ2	329 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TAS2R5	Q9NYW4	299 aa		7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	MAGED1	Q9Y5V3	778 aa	Predicted RBP	7.66	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TRAV27	A0A087WT01	109 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	ARRDC5	A6NEK1	342 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OVOL3	O00110	214 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TMCC2	O75069	709 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	ADA	P00813	363 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4-39	P01824	125 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	NR2C1	P13056	603 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	IFNGR1	P15260	489 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PPP3CB	P16298	524 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	LIMS1	P48059	325 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A1	P53985	500 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	CLRN1	P58418	232 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	CASP12	Q6UXS9	341 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	DPY19L2P2	Q6ZN68	376 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB49	Q6ZSB9	765 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RASSF6	Q6ZTQ3	369 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SLC46A3	Q7Z3Q1	461 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	REC114	Q7Z4M0	266 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	THAP5	Q7Z6K1	395 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	PQLC1	Q8N2U9	271 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OR9Q2	Q8NGE9	314 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	OR6N1	Q8NGY5	312 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TEX47	Q8TBZ9	253 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SMAP2	Q8WU79	429 aa	Predicted RBP	7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RBM4B	Q9BQ04	359 aa	Known RBP	7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	DGCR6L	Q9BY27	220 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	VCX	Q9H320	206 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	KRT84	Q9NSB2	600 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D23	Q9NUY8	699 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	POFUT2	Q9Y2G5	429 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	RNF115	Q9Y4L5	304 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	FLVCR1	Q9Y5Y0	555 aa		7.65	□□□□□ -1.18
USP4-213	ENST00000488520	SVEP1	Q4LDE5	3571 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	IGKV3D-15	A0A087WSY6	115 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CIB4	A0PJX0	185 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520		A6NIZ1	184 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ZNF716	A6NP11	495 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CDC42EP2	O14613	210 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	IDH3B	O43837	385 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	SSX4	O60224	188 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	PTP4A3	O75365	173 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CD3E	P07766	207 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CD14	P08571	375 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	DANCR	P0C864	163 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	OSM	P13725	252 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ANPEP	P15144	967 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	AGTR1	P30556	359 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	GSS	P48637	474 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RAD23A	P54725	363 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	BID	P55957	195 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RAP1B	P61224	184 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RPL27	P61353	136 aa	Known RBP	7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RAP1A	P62834	184 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ERVK-25	P63136	954 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	TGFBR3	Q03167	851 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ITGAD	Q13349	1161 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	RCN1	Q15293	331 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	ETFDH	Q16134	617 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP24-1	Q3LI83	254 aa		7.64	□□□□□ -1.19
USP4-213	ENST00000488520	CARD17	Q5XLA6	110 aa		7.64	□□□□□ -1.19

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