RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF570	Q96NI8	536 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	RBP7	Q96R05	134 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNK17	Q96T54	332 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CDRT15	Q96T59	188 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	OR51B6	Q9H340	312 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GRHPR	Q9UBQ7	328 aa		11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF346	Q9UL40	294 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FN1	P02751	2386 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SH3PXD2B	A1X283	911 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404		H7C1C5	153 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NDUFS8	O00217	210 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CDC42EP2	O14613	210 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MGRN1	O60291	552 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	DIRAS1	O95057	198 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FAM157B	P0CG42	384 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF35	P13682	527 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CDA	P32320	146 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	APLNR	P35414	380 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GLRX	P35754	106 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SMIM11A	P58511	58 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LCN6	P62502	163 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ERVK-25	P63136	954 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	VLDLR	P98155	873 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GGTLC2	Q14390	218 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZBED5	Q49AG3	693 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	THEM4	Q5T1C6	240 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	RGS7BP	Q6MZT1	257 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TMPRSS11F	Q6ZWK6	438 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF584	Q8IVC4	421 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ICA1L	Q8NDH6	482 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	OR52J3	Q8NH60	311 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FGFBP3	Q8TAT2	258 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF519	Q8TB69	540 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FANK1	Q8TC84	345 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PYURF	Q96I23	114 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	RSRC1	Q96IZ7	334 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF75A	Q96N20	296 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TNFRSF13C	Q96RJ3	184 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SYT3	Q9BQG1	590 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPL37	Q9BZE1	423 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GORASP2	Q9H8Y8	452 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SIAE	Q9HAT2	523 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ABCA1	O95477	2261 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TRBV4-1	A0A0J9YWV2	114 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SYNGR3	O43761	229 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CD5L	O43866	347 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NDUFB2	O95178	105 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	GADD45G	O95257	159 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FABP3	P05413	133 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LCK	P06239	509 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CD14	P08571	375 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ADRA2A	P08913	450 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CCNO	P22674	350 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF133	P52736	654 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SELENOV	P59797	346 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PCBD1	P61457	104 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	KRR1	Q13601	381 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SPATS1	Q496A3	300 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	PABPC1L2A	Q5JQF8	200 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LRRC75A	Q8NAA5	344 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CCDC197	Q8NCU1	140 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SNX33	Q8WV41	574 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NEU4	Q8WWR8	484 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NABP1	Q96AH0	204 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CCT8L2	Q96SF2	557 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TPK1	Q9H3S4	243 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	YAE1D1	Q9NRH1	226 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FZR1	Q9UM11	496 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ADAM18	Q9Y3Q7	739 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	UGT2A1	Q9Y4X1	527 aa		11.11	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	IGKV1D-43	A0A0B4J1Z2	117 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TEX13C	A0A0J9YWL9	993 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LOC390937	A0A1W2PQ73	354 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	UNC119B	A6NIH7	251 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SNAP29	O95721	258 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	CCL2	P13500	99 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	DAO	P14920	347 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF32	P17041	273 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MSR1	P21757	451 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	USF1	P22415	310 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	APEX1	P27695	318 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MSX2	P35548	267 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	EVX1	P49640	407 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	LOXL1	Q08397	574 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	FXN	Q16595	210 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	KRTAP21-3	Q3LHN1	58 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	IQCC	Q4KMZ1	466 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	MEST	Q5EB52	335 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC25A47	Q6Q0C1	308 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	TSEN54	Q7Z6J9	526 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	ARIH2OS	Q8N7S6	290 aa		11.1	□□□□□ -0.63
CHMP3-208	ENST00000486404	C7orf34	Q96L11	122 aa		11.1	□□□□□ -0.63

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