RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	C1QL2	Q7Z5L3	287 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	MTERF4	Q7Z6M4	381 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	TMCO5A	Q8N6Q1	288 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	COX18	Q8N8Q8	333 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	RNF217	Q8TC41	542 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	CIDEC	Q96AQ7	238 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	KATNB1	Q9BVA0	655 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	KCNF1	Q9H3M0	494 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	DYNLRB1	Q9NP97	96 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	NFU1	Q9UMS0	254 aa		10.15	□□□□□ -0.78
CLK3-222	ENST00000568232	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GPR171	O14626	319 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SMIM24	O75264	130 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SKAP2	O75563	359 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TF	P02787	698 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ALOX5	P09917	674 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CECR9	P0C854	216 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NPR2	P20594	1047 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TYK2	P29597	1187 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LCN1	P31025	176 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HSD17B3	P37058	310 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SERPINB4	P48594	390 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CCR4	P51679	360 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TUBA1B	P68363	451 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TUBA4A	P68366	448 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	POU6F2	P78424	691 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TGFBR3	Q03167	851 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OCLN	Q16625	522 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TSNAXIP1	Q2TAA8	658 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SPDYA	Q5MJ70	313 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ANKRD26P1	Q6NSI1	321 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TUBA1A	Q71U36	451 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CCDC91	Q7Z6B0	441 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR5W2	Q8NH69	310 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	METTL6	Q8TCB7	284 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	JADE3	Q92613	823 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CDS1	Q92903	461 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ARL5B	Q96KC2	179 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZDHHC2	Q9UIJ5	367 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	POLR3H	Q9Y535	204 aa	Predicted RBP	10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TIMM22	Q9Y584	194 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		10.14	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ETV2	O00321	342 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NR5A2	O00482	541 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HPX	P02790	462 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RBP1	P09455	135 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TFPI	P10646	304 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MPG	P29372	298 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC16A1	P53985	500 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SESN3	P58005	492 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CLC	Q05315	142 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MERTK	Q12866	999 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SYT14P1	Q58G82	188 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CDC73	Q6P1J9	531 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MYPOP	Q86VE0	399 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	C1QL4	Q86Z23	238 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC35F6	Q8N357	371 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF614	Q8N883	585 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF511	Q8NB15	262 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NANP	Q8TBE9	248 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PIGX	Q8TBF5	258 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CKAP2	Q8WWK9	683 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LRRC58	Q96CX6	371 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CHMP6	Q96FZ7	201 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	EGLN2	Q96KS0	407 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	KCNA7	Q96RP8	456 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	THUMPD3	Q9BV44	507 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	BTBD2	Q9BX70	525 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ACSS1	Q9NUB1	689 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TMCO1	Q9UM00	188 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SNX12	Q9UMY4	172 aa		10.13	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	POM121C	A8CG34	1229 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		H3BNH8	94 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PLPP2	O43688	288 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PRSS23	O95084	383 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CELA3B	P08861	270 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GSTA2	P09210	222 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	IFI6	P09912	130 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SBK3	P0C264	359 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MDK	P21741	143 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PRTN3	P24158	256 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HMOX2	P30519	316 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MAGEA8	P43361	318 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GSTM5	P46439	218 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ASMT	P46597	345 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MYBPC1	Q00872	1141 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZP4	Q12836	540 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CBFB	Q13951	182 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RASA2	Q15283	850 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	UAP1	Q16222	522 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TBRG1	Q3YBR2	411 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FBLN7	Q53RD9	439 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF385B	Q569K4	471 aa		10.12	□□□□□ -0.79

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