RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	RASGEF1B	Q0VAM2	473 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TRAF3	Q13114	568 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RIN1	Q13671	783 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZKSCAN8	Q15776	578 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CBLN3	Q6UW01	205 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM107	Q6UX40	140 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TRABD2A	Q86V40	505 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CENPL	Q8N0S6	344 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C1orf52	Q8N6N3	182 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CDYL2	Q8N8U2	506 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC16A11	Q8NCK7	471 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FBXO36	Q8NEA4	188 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FBXO30	Q8TB52	745 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	STAG3L4	Q8TBR4	150 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TRPC4AP	Q8TEL6	797 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MAIP1	Q8WWC4	291 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OTUB1	Q96FW1	271 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C16orf92	Q96LL3	132 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C1orf147	Q96MC9	270 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MUS81	Q96NY9	551 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SERPINI1	Q99574	410 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR22	Q99680	433 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PKP2	Q99959	881 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TBL1XR1	Q9BZK7	514 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TSPY26P	Q9H489	355 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZMAT4	Q9H898	229 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NOL11	Q9H8H0	719 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BCO1	Q9HAY6	547 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	POPDC3	Q9HBV1	291 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MYNN	Q9NPC7	610 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HIF1AN	Q9NWT6	349 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TREM2	Q9NZC2	230 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NTM	Q9P121	344 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZDHHC2	Q9UIJ5	367 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ADAM29	Q9UKF5	820 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ABCG2	Q9UNQ0	655 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MGAT4B	Q9UQ53	548 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ACOT9	Q9Y305	439 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ANGPTL3	Q9Y5C1	460 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF780B	Q9Y6R6	833 aa		4.57	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CIB4	A0PJX0	185 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SH3PXD2B	A1X283	911 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDLIM1	O00151	329 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PLXNB1	O43157	2135 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RGS14	O43566	566 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PLOD3	O60568	738 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KERA	O60938	352 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PSMG1	O95456	288 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ESRRB	O95718	433 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	JUN	P05412	331 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NUDT17	P0C025	328 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DAO	P14920	347 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	STMN1	P16949	149 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SERPINF1	P36955	418 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC12A2	P55011	1212 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KRTAP10-3	P60369	221 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RAB10	P61026	200 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MRPS22	P82650	360 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DBP	Q10586	325 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDIA2	Q13087	525 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MORF4L2	Q15014	288 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RNPS1	Q15287	305 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ADIPOQ	Q15848	244 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DECR1	Q16698	335 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ERCC6L	Q2NKX8	1250 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ARL13A	Q5H913	290 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FBXW9	Q5XUX1	488 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FRG2	Q64ET8	278 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAHD2B	Q6P2I3	314 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TEPP	Q6URK8	271 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	USP43	Q70EL4	1123 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC46A3	Q7Z3Q1	461 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SPATA19	Q7Z5L4	167 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TBC1D1	Q86TI0	1168 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MYPOP	Q86VE0	399 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF100	Q8IYN0	542 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	UBE2J2	Q8N2K1	259 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		Q8N3U1	123 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF527	Q8NB42	609 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CLRN3	Q8NCR9	226 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4F6	Q8NGB9	312 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CLDND2	Q8NHS1	167 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CPNE4	Q96A23	557 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM186	Q96B77	213 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	DTNBP1	Q96EV8	351 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAHD2A	Q96GK7	314 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR78	Q96P69	363 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FRG2B	Q96QU4	278 aa		4.56	□□□□□ -1.68

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