RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000607882.5

RABGEF1-209, Transcript of RAB guanine nucleotide exchange factor 1, human

TSL 2

Gene RABGEF1, Length 2,654 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RABGEF1-209	ENST00000607882	CLK3	P49761	638 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	DAP	P51397	102 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	XK	P51811	444 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	CLDN8	P56748	225 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	NCS1	P62166	190 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC35A2	P78381	396 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	HSF1	Q00613	529 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	IFITM3	Q01628	133 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	PCDH1	Q08174	1060 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ACSM2A	Q08AH3	577 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	IL18R1	Q13478	541 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF169	Q14929	603 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SGCA	Q16586	387 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SMU1	Q2TAY7	513 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ACSM2B	Q68CK6	577 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	WDR53	Q7Z5U6	358 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	P2RY8	Q86VZ1	359 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	METTL4	Q8N3J2	472 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	KAT2A	Q92830	837 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	RMND5A	Q9H871	391 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	LYRM4	Q9HD34	91 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	LRFN1	Q9P244	771 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	DTX4	Q9Y2E6	619 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	GMPPB	Q9Y5P6	360 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	CSMD2	Q7Z408	3487 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882		A0A0G2JMM0	328 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882		A0A1W2PPB8	328 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882		A0A1W2PRS3	328 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	KIR3DP1	A8MWS1	328 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MT-ND2	P03891	347 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	RNF224	P0DH78	156 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TLX1	P31314	330 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TGFBR1	P36897	503 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MAGEA2	P43356	314 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SOX8	P57073	446 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	HIST2H2BC	Q6DN03	193 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR2T5	Q6IEZ7	315 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MRM1	Q6IN84	353 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TMEM156	Q8N614	296 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SCAI	Q8N9R8	606 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SETD9	Q8NE22	299 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR2T29	Q8NH02	315 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	FBLIM1	Q8WUP2	373 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TM4SF18	Q96CE8	201 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	LMF1	Q96S06	567 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	WDR12	Q9GZL7	423 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	RASSF1	Q9NS23	344 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	AP3M1	Q9Y2T2	418 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	OR5H15	A6NDH6	313 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TMEM200C	A6NKL6	621 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	LINC01387	J3KSC0	135 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC22A1	O15245	554 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ANXA4	P09525	319 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ICAM2	P13598	275 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	GSS	P48637	474 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	GPR143	P51810	404 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	VLDLR	P98155	873 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	GGTA1P	Q4G0N0	100 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	C3P1	Q6ZMU1	363 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ADCK1	Q86TW2	530 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC5A8	Q8N695	610 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TM9SF4	Q92544	642 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	RPL3L	Q92901	407 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	UBE2F	Q969M7	185 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MRO	Q9BYG7	248 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SLC29A3	Q9BZD2	475 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MMP25	Q9NPA2	562 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	ADAP2	Q9NPF8	381 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	PDP1	Q9P0J1	537 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TEKT2	Q9UIF3	430 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	SAMD4A	Q9UPU9	718 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	TPRKB	Q9Y3C4	175 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	MMACHC	Q9Y4U1	282 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	PMF1-BGLAP	U3KQ54	211 aa		11.53	□□□□□ -0.56
RABGEF1-209	ENST00000607882	PDE9A	O76083	593 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	BMP4	P12644	408 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	HOXB9	P17482	250 aa	Predicted RBP	11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	IL32	P24001	234 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	SOX3	P41225	446 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	ARHGDIA	P52565	204 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	ELAVL1	Q15717	326 aa	Known RBP	11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	MAPK11	Q15759	364 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	EXT1	Q16394	746 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	PNPLA5	Q7Z6Z6	429 aa	Predicted RBP	11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	RIT1	Q92963	219 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	SGK3	Q96BR1	496 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	UTP23	Q9BRU9	249 aa	Known RBP	11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	DUSP21	Q9H596	190 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	IL1RAP	Q9NPH3	570 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	VPS4A	Q9UN37	437 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	SAMHD1	Q9Y3Z3	626 aa	Known RBP	11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	ITPR2	Q14571	2701 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	SEMA7A	O75326	666 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	NEURL1	O76050	574 aa		11.52	□□□□□ -0.57
RABGEF1-209	ENST00000607882	GPR75	O95800	540 aa		11.52	□□□□□ -0.57

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