RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	PLCXD2	Q0VAA5	305 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SYPL1	Q16563	259 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DECR1	Q16698	335 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ARHGAP11B	Q3KRB8	267 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EMC4	Q5J8M3	183 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HEPHL1	Q6MZM0	1159 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LRRC74B	Q6ZQY2	392 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MDGA2	Q7Z553	956 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	AQP12A	Q8IXF9	295 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C10orf67	Q8IYJ2	551 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	EID3	Q8N140	333 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ANKFN1	Q8N957	763 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	POGLUT1	Q8NBL1	392 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C17orf47	Q8NEP4	570 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	OR5L2	Q8NGL0	311 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	OR8K3	Q8NH51	312 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NUBPL	Q8TB37	319 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC26A7	Q8TE54	656 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC38A5	Q8WUX1	472 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PIK3R3	Q92569	461 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	POP5	Q969H6	163 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC35A4	Q96G79	324 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	G6PC3	Q9BUM1	346 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SPATA5L1	Q9BVQ7	753 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DEFB126	Q9BYW3	111 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF350	Q9GZX5	532 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NXF5	Q9H1B4	397 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DENND2D	Q9H6A0	471 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	POLE3	Q9NRF9	147 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PLSCR2	Q9NRY7	297 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ADPRHL2	Q9NX46	363 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF223	Q9UK11	482 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS6KA6	Q9UK32	745 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CBLC	Q9ULV8	474 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SAMD4A	Q9UPU9	718 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR45	Q9Y484	360 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607		V9GYQ6	96 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NUP214	P35658	2090 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FLNA	P21333	2647 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GXYLT2	A0PJZ3	443 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	NKX2-6	A6NCS4	301 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TFEC	O14948	347 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ACOX3	O15254	700 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PEX1	O43933	1283 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KIAA0513	O60268	411 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	STX11	O75558	287 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZFAND5	O76080	213 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PGM3	O95394	542 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF682	O95780	498 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPINA1	P01009	418 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	C8B	P07358	591 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TFPT	P0C1Z6	253 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MAP3K8	P41279	467 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PPIC	P45877	212 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TMED10	P49755	219 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR143	P51810	404 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PCBP3	P57721	371 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF4	P78317	190 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ELF3	P78545	371 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPS22	P82650	360 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CCNI	Q14094	377 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	FIGNL1	Q6PIW4	674 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GALNT10	Q86SR1	603 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TAGAP	Q8N103	731 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ZFP62	Q8NB50	900 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC22A8	Q8TCC7	542 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	LZIC	Q8WZA0	190 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HSPBAP1	Q96EW2	488 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	COL21A1	Q96P44	957 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	UCK2	Q9BZX2	261 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GORASP2	Q9H8Y8	452 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	COQ3	Q9NZJ6	369 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFRSF10D	Q9UBN6	386 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF6	Q9Y252	685 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR55	Q9Y2T6	319 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KLF13	Q9Y2Y9	288 aa	Predicted RBP	11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KIAA1549	Q9HCM3	1950 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A0G2JPF8	293 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DHRS12	A0PJE2	317 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PINLYP	A6NC86	204 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM200C	A6NKL6	621 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPCL2	B2RXH8	293 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPCL3	B7ZW38	293 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	PRKN	O60260	465 aa	Predicted RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC40	O60508	579 aa	Known RBP eCLIP	11.09	□□□□□ -0.63	8e-7	■■□□□ 14.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ITGA10	O75578	1167 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	SERPINB7	O75635	380 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	TOX	O94900	526 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNK2	O95069	426 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	OPN1SW	P03999	348 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	GPI	P06744	558 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	HNRNPCL4	P0DMR1	293 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CT45A8	P0DMV1	189 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	CT45A9	P0DMV2	189 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	ETS2	P15036	469 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-208	ENST00000437607	DRD5	P21918	477 aa		11.09	□□□□□ -0.63

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