RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	TOR1A	O14656	332 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	LANCL1	O43813	399 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	HYAL3	O43820	417 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	GCM2	O75603	506 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	NTN1	O95631	604 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R3D	O95685	299 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	LIMS3	P0CW19	117 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	LIMS4	P0CW20	117 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	LIPC	P11150	499 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	PSMB1	P20618	241 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ACADL	P28330	430 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	HLA-F	P30511	346 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TPMT	P51580	245 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	MAP2K6	P52564	334 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TSPAN31	Q12999	210 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ELOA	Q14241	798 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF628	Q5EBL2	1059 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	CD276	Q5ZPR3	534 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	FIGNL1	Q6PIW4	674 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF322	Q6U7Q0	402 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	FCRLA	Q7L513	359 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	FBXL6	Q8N531	539 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	OR56A1	Q8NGH5	318 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ABHD4	Q8TB40	342 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	CASTOR1	Q8WTX7	329 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	NEURL3	Q96EH8	262 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	RNF31	Q96EP0	1072 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	METTL2A	Q96IZ6	378 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	RSPH9	Q9H1X1	276 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	MRPS30	Q9NP92	439 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	HINT3	Q9NQE9	182 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ACOD1	A6NK06	481 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	DUXA	A6NLW8	204 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	GAPDHS	O14556	408 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ITGA10	O75578	1167 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	C8A	P07357	584 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	NFYA	P23511	347 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TAS2R43	P59537	309 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	SKP1	P63208	163 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	SGCG	Q13326	291 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ENTPD8	Q5MY95	495 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	PRAMEF17	Q5VTA0	474 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	KRT77	Q7Z794	578 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ELOA3	Q8NG57	546 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	OR6M1	Q8NGM8	313 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	LGALS14	Q8TCE9	139 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	THAP4	Q8WY91	577 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGAP9	Q9BRR9	750 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TRPV4	Q9HBA0	871 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	KLHL42	Q9P2K6	505 aa		10.34	□□□□□ -0.75
CLN3-244	ENST00000636147	TRAV27	A0A087WT01	109 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	hCG_1807616	A0A1W2PRN6	198 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147		F5H0A9	414 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	GPR171	O14626	319 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	MAS1	P04201	325 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	MVD	P53602	400 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	BIK	Q13323	160 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	C6orf132	Q5T0Z8	1188 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	PARG	Q86W56	976 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM99	Q8N816	258 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	OR9A2	Q8NGT5	310 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ACOT11	Q8WXI4	607 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	FCRL1	Q96LA6	429 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	RETREG1	Q9H6L5	497 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	KLHL9	Q9P2J3	617 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	TRBV5-4	A0A0C4DH59	114 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ANTXRL	A6NF34	631 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	HMGN4	O00479	90 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	CD160	O95971	181 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	LALBA	P00709	142 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	TPO	P07202	933 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ANXA7	P20073	488 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ITGB7	P26010	798 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	TLE2	Q04725	743 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	SLC25A35	Q3KQZ1	300 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	PRSS42	Q7Z5A4	293 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM255B	Q8WV15	326 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	CNOT9	Q92600	299 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	IFT46	Q9NQC8	304 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	C13orf42	A0A1B0GVH6	325 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	C5orf51	A6NDU8	294 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	PLPP1	O14494	284 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	PPM1D	O15297	605 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	LGI1	O95970	557 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ACSM4	P0C7M7	580 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	AK4	P27144	223 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ADAM8	P78325	824 aa		10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF155	Q12901	538 aa	Predicted RBP	10.33	□□□□□ -0.76
CLN3-244	ENST00000636147	POGLUT1	Q8NBL1	392 aa		10.33	□□□□□ -0.76

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