RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 CXorf56Q9H5V9 222 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-216ENST00000617451 REEP4Q9H6H4 257 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-216ENST00000617451 LRTM1Q9HBL6 345 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-216ENST00000617451 GPR52Q9Y2T5 361 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-216ENST00000617451 PTGDR2Q9Y5Y4 395 aa22.27■■□□□ 1.16
PTPRF-216ENST00000617451 COL6A5A8TX70 2615 aa22.27■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 A0A0J9YW62 118 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SLC28A1O00337 649 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 HS3ST1O14792 307 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PSMB1P20618 241 aaKnown RBP22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 LCN1P31025 176 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FRKP42685 505 aaPredicted RBP22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF41P51814 821 aaPredicted RBP22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 MANFP55145 182 aaKnown RBP22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PPP2R2BQ00005 443 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 DUSP5Q16690 384 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 HBMQ6B0K9 141 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CLEC6AQ6EIG7 209 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 MFSD12Q6NUT3 480 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 WFDC8Q8IUA0 241 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 IFT20Q8IY31 132 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FBXO30Q8TB52 745 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 POC1BQ8TC44 478 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PPCDCQ96CD2 204 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 MS4A4EQ96PG1 132 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CCT7Q99832 543 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 KLHDC3Q9BQ90 382 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM185BQ9H7F4 350 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 UBQLN4Q9NRR5 601 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FBXO34Q9NWN3 711 aa22.26■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 RGS14O43566 566 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 AKAP10O43572 662 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PLIN3O60664 434 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FAM153BP0C7A2 387 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ME2P23368 584 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 AGTR1P30556 359 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC153Q494R4 210 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FAM153CQ494X1 144 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 Q6ZSR9 355 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 MISPQ8IVT2 679 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 OSTF1Q92882 214 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SH3YL1Q96HL8 342 aaPredicted RBP22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ACSS1Q9NUB1 689 aaPredicted RBP22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 OXSMQ9NWU1 459 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SH3BP4Q9P0V3 963 aa22.25■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 TUBBP07437 444 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 HPGDP15428 266 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SDC1P18827 310 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ATP5J2P56134 94 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PDE7AQ13946 482 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CAPRIN1Q14444 709 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PDSS1Q5T2R2 415 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 GTF2IRD2BQ6EKJ0 949 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ZCCHC12Q6PEW1 402 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SZRD1Q7Z422 152 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 GTF2IRD2Q86UP8 949 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 TRABD2AQ86V40 505 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 LILRA2Q8N149 483 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 OR2T11Q8NH01 316 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 C16orf58Q96GQ5 468 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 TSSK3Q96PN8 268 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 C12orf49Q9H741 205 aa22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 FBN1P35555 2871 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 A0A1W2PQD3 144 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SCDO00767 359 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 LINGO3P0C6S8 592 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 NID1P14543 1247 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SERPINB4P48594 390 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CCT5P48643 541 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CARD18P57730 90 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF844Q08AG5 666 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CD226Q15762 336 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 EXOSC6Q5RKV6 272 aaKnown RBP22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 B4GALNT2Q8NHY0 566 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 KLHL15Q96M94 604 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 BAIAP2L1Q9UHR4 511 aa22.23■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SONP18583 2426 aaKnown RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ALOX5P09917 674 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PABPC4LP0CB38 370 aaKnown RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CPA3P15088 417 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CRHR1P34998 444 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 EIF1P41567 113 aaKnown RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 RFTN2Q52LD8 501 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 RNF165Q6ZSG1 346 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 COX18Q8N8Q8 333 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 STEAP2Q8NFT2 490 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 CLHC1Q8NHS4 586 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ROBO4Q8WZ75 1007 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 AKAP1Q92667 903 aaKnown RBP eCLIP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 OTUB1Q96FW1 271 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 HDHD5Q9BXW7 423 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 C12orf65Q9H3J6 166 aaKnown RBP22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 TUBB1Q9H4B7 451 aa22.22■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 AZIN1O14977 448 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 GCM2O75603 506 aaPredicted RBP22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 HSPA4LO95757 839 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 NEFHP12036 1026 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 SHC1P29353 583 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 PRIM2P49643 509 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF239Q16600 458 aaKnown RBP22.21■■□□□ 1.15
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