RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	MROH6	A6NGR9	719 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	YY2	O15391	372 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SNN	O75324	88 aa	Predicted RBP	12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HMGN2	P05204	90 aa	Known RBP	12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FUT1	P19526	365 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKX	P51817	358 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TGFBR3	Q03167	851 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OPN5	Q6U736	354 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF480	Q8WV37	535 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM118A	Q9NWS6	357 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL42	Q9P2K6	505 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM171A2	A8MVW0	826 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GFRA2	O00451	464 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTL6B	O94805	426 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CNOT4	O95628	575 aa	Known RBP	12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR3A	P46098	478 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	PITPNB	P48739	271 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ETV1	P50549	477 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2A12	Q8NGT7	310 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OR9A4	Q8NGU2	314 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SNAPC3	Q92966	411 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	NXPE3	Q969Y0	559 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	NPAP1	Q9NZP6	1156 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	NENF	Q9UMX5	172 aa		12.37	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf196	B1AJZ1	125 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	RFPL3	O75679	317 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD17B1	P14061	328 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	RAC2	P15153	192 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ACPP	P15309	386 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SDC1	P18827	310 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	IVD	P26440	423 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51L1	Q8NGJ5	315 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SMIM14	Q96QK8	99 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	POTEKP	Q9BYX7	375 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GPN2	Q9H9Y4	310 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CBLC	Q9ULV8	474 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	BOK	Q9UMX3	212 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HIF3A	Q9Y2N7	669 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447		F5H5K5	113 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TGM6	O95932	706 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS17	P08708	135 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OSM	P13725	252 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	AOAH	P28039	575 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	OR1D4	P47884	311 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TRA2B	P62995	288 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP4K2	Q12851	820 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	PIN1	Q13526	163 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM61	Q5EBN2	209 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	MANEA	Q5SRI9	462 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM46	Q7Z4K8	759 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	METTL2A	Q96IZ6	378 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TREX1	Q9NSU2	369 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	MARCH5	Q9NX47	278 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CNIH4	Q9P003	139 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CHD4	Q14839	1912 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR39	O43194	453 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS14	O60783	128 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR3B	O95264	441 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FGF4	P08620	206 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX3	P41225	446 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CSNK1A1	P48729	337 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXA1	P55317	472 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	C3orf38	Q5JPI3	329 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	LCN8	Q6JVE9	175 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM198B	Q6UWH4	519 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35F2	Q8IXU6	374 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447		Q8N402	240 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SYT14	Q8NB59	555 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HINT2	Q9BX68	163 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1B0GTW7	788 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXE1	O00358	373 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	BCAS1	O75363	584 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST1H1T	P22492	207 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFSF4	P23510	183 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRPD2	P62316	118 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ARRDC2	Q8TBH0	407 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ARRDC3	Q96B67	414 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D20	Q96BZ9	403 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GAREM1	Q9H706	876 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	GJB3	O75712	270 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ERV3-1	Q14264	604 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	ARFGAP1	Q8N6T3	406 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	DTX3	Q8N9I9	347 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM239	Q8WW34	195 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	NTMT1	Q9BV86	223 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	STUB1	Q9UNE7	303 aa		12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2J1	Q9Y385	318 aa	Predicted RBP	12.36	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	FRS3	O43559	492 aa		12.35	□□□□□ -0.43
PTPRF-215	ENST00000496447	SIGLEC6	O43699	453 aa		12.35	□□□□□ -0.43

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