RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000553278.1

SCFD1-208, Transcript of sec1 family domain containing 1, human

TSL 2

Gene SCFD1, Length 795 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCFD1-208	ENST00000553278	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	DEPP	Q9NTK1	212 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RNF7	Q9UBF6	113 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	EXOG	Q9Y2C4	368 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	MEMO1	Q9Y316	297 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TIMM10B	Q9Y5J6	103 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TRBV5-4	A0A0C4DH59	114 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	BCLAF3	A2AJT9	711 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	LRP5L	A4QPB2	252 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OR6C65	A6NJZ3	312 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	GOLGA8S	H3BPF8	625 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	POLR2D	O15514	142 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TYROBP	O43914	113 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	EFNA2	O43921	213 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RAMP1	O60894	148 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CTAG2	O75638	210 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	KRT36	O76013	467 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	F10	P00742	488 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	STAG3L3	P0CL85	134 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	IMPDH1	P20839	514 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PRKACG	P22612	351 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	MMP11	P24347	488 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	GNPDA1	P46926	289 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TPMT	P51580	245 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	NANOS2	P60321	138 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PLOD1	Q02809	727 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	HADH	Q16836	314 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ZNF672	Q499Z4	452 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	LRRC66	Q68CR7	880 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	UTS2B	Q765I0	119 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	BZW1	Q7L1Q6	419 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	NUFIP2	Q7Z417	695 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	APLF	Q8IW19	511 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CLEC4F	Q8N1N0	589 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OTUD6B	Q8N6M0	293 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OR51G2	Q8NGK0	314 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PEX13	Q92968	403 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	DNAJA3	Q96EY1	480 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	NSMCE3	Q96MG7	304 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CITED1	Q99966	193 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	C11orf70	Q9BRQ4	267 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	STRADB	Q9C0K7	418 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	SPHK2	Q9NRA0	654 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ZDHHC18	Q9NUE0	388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RCOR3	Q9P2K3	495 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ZNF221	Q9UK13	617 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	POLDIP2	Q9Y2S7	368 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PPIAL4E	A0A075B759	164 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278		G3V2L1	256 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278		G3V4G9	280 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ABCD4	O14678	606 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TAPBP	O15533	448 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ZNF749	O43361	778 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	SRPX2	O60687	465 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TRIM3	O75382	744 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	UPK3A	O75631	287 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CA1	P00915	261 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ALOX5	P09917	674 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PPIAL4F	P0DN26	164 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	HSD17B1	P14061	328 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	FOXG1	P55316	489 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ERVFC1-1	P60608	527 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RIPPLY1	Q0D2K3	151 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	C1orf61	Q13536	156 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RAET1L	Q5VY80	246 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OR8G2P	Q6IF36	304 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PWWP2B	Q6NUJ5	590 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OTUD6A	Q7L8S5	288 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	IFNE	Q86WN2	208 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	FAM83F	Q8NEG4	500 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	NUP37	Q8NFH4	326 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	OR1B1	Q8NGR6	318 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TBCK	Q8TEA7	893 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	GMPPA	Q96IJ6	420 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TSNARE1	Q96NA8	513 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	TMPRSS5	Q9H3S3	457 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	LIME1	Q9H400	295 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	ADGRL4	Q9HBW9	690 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	IL36G	Q9NZH8	169 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PISD	Q9UG56	409 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	RASD1	Q9Y272	281 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SCFD1-208	ENST00000553278	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SCFD1-208	ENST00000553278	FAM72C	H0Y354	149 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SCFD1-208	ENST00000553278	DNAJB6	O75190	326 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SCFD1-208	ENST00000553278	CDH16	O75309	829 aa		4.83	□□□□□ -1.64

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