RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	CSF3R	Q99062	836 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	FEV	Q99581	238 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	APOL4	Q9BPW4	351 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	BCL7B	Q9BQE9	202 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF350	Q9GZX5	532 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	ING2	Q9H160	280 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGU	Q9H490	435 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	NMNAT1	Q9HAN9	279 aa	Predicted RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM60A	Q9NP50	221 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	PAPOLB	Q9NRJ5	636 aa	Known RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT84	Q9NSB2	600 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM74B	Q9NUR3	256 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	FKBP14	Q9NWM8	211 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	FTSJ1	Q9UET6	329 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	A4GNT	Q9UNA3	340 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	MGAT4B	Q9UQ53	548 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC9A8	Q9Y2E8	581 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS2	Q9Y399	296 aa	Known RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM32A	Q9Y421	112 aa	Known RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	CLDN16	Q9Y5I7	305 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247		U3KQV3	271 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	MYO9B	Q13459	2157 aa		5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	MN1	Q10571	1320 aa	Predicted RBP	5.16	□□□□□ -1.58
ATG4A-208	ENST00000489247	SH3PXD2B	A1X283	911 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	HYKK	A2RU49	373 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZAR1L	A6NP61	321 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247		B4DGG1	531 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247		H0YIG0	161 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC1A7	O00341	560 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDH17	O14917	1159 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF749	O43361	778 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXS1	O43638	330 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF1C	O43896	1103 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FGF17	O60258	216 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FMO6P	O60774	539 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CTNS	O60931	367 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJB6	O75190	326 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	WBP4	O75554	376 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR6B1	O95007	311 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CCNB2	O95067	398 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NKX2-2	O95096	273 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GADD45G	O95257	159 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB11	O95625	1053 aa	Predicted RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	STATH	P02808	62 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	H1F0	P07305	194 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GIMD1	P0DJR0	217 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RNH1	P13489	461 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP6V1B1	P15313	513 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NELFE	P18615	380 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFRSF1B	P20333	461 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	S1PR1	P21453	382 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	BCKDHB	P21953	392 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PCMT1	P22061	227 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CDH3	P22223	829 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ELAVL4	P26378	380 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ELK4	P28324	431 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SDHA	P31040	664 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	POLR2I	P36954	125 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FEN1	P39748	380 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1E2	P47887	323 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CASP9	P55211	416 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CDH12	P55289	794 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CDH15	P55291	814 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	VSX2	P58304	361 aa	Predicted RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1CA	P62136	330 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	RPP38	P78345	283 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SPIB	Q01892	262 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	COX10	Q12887	443 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1R8	Q12972	351 aa	Known RBP	5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP8	Q13202	625 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ILK	Q13418	452 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PDCD1	Q15116	288 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	LTB4R	Q15722	352 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	NPTX1	Q15818	432 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MEP1A	Q16819	746 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSWIM7	Q19AV6	140 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOC3L2	Q2M3D2	409 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PRICKLE4	Q2TBC4	344 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CR1L	Q2VPA4	569 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF750	Q32MQ0	723 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A30	Q5SVS4	291 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	ATAD3B	Q5T9A4	648 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM180B	Q6P0A1	224 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM111B	Q6SJ93	734 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	B3GNT6	Q6ZMB0	384 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	FRRS1	Q6ZNA5	592 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KANSL1	Q7Z3B3	1105 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	PRSS42	Q7Z5A4	293 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MRGPRE	Q86SM8	312 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	COMTD1	Q86VU5	262 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR5B	Q86VZ2	330 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	KMT5C	Q86Y97	462 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SPART	Q8N0X7	666 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	GALNT15	Q8N3T1	639 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	CDRT4	Q8N9R6	151 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	SMYD1	Q8NB12	490 aa		5.15	□□□□□ -1.59
ATG4A-208	ENST00000489247	MORN4	Q8NDC4	146 aa		5.15	□□□□□ -1.59

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.1 ms