RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000461520.5

USP54-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene USP54, Length 1,212 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-208ENST00000461520 SEMA4BQ9NPR2 832 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ZDHHC18Q9NUE0 388 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CPSF2Q9P2I0 782 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 KCNN3Q9UGI6 736 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ACAD8Q9UKU7 415 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TMCO1Q9UM00 188 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 BOKQ9UMX3 212 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ERVK-19Q9WJR5 959 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 RNF11Q9Y3C5 154 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 FAM215AQ9Y5M1 114 aa6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CHCHD2Q9Y6H1 151 aaPredicted RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SEC23IPQ9Y6Y8 1000 aaKnown RBP6.64□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TRGV5A0A0B4J1U4 118 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 C2orf92A0A1B0GVN3 265 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 LRRC14BA6NHZ5 514 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GLOD5A6NK44 160 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 STX16-NPEPL1H3BU86 382 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 OR7A17O14581 309 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 STX16O14662 325 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TP53I11O14683 189 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SIX3O95343 332 aaPredicted RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 AIFM1O95831 613 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PIK3R1P27986 724 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 MAGEA12P43365 314 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TMED10P49755 219 aaKnown RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 NEK2P51955 445 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CCNG1P51959 295 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 KCNJ2P63252 427 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ZNF267Q14586 743 aaPredicted RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 KRTAP21-3Q3LHN1 58 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 C1orf185Q5T7R7 199 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PRAMEF20Q5VT98 475 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CES4AQ5XG92 561 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TMEM198Q66K66 360 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 RTL6Q6ICC9 239 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SPNS3Q6ZMD2 512 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PTGR2Q8N8N7 351 aaPredicted RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ZNF441Q8N8Z8 693 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 C17orf47Q8NEP4 570 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 MYRIPQ8NFW9 859 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 OR10G3Q8NGC4 313 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 OR52B6Q8NGF0 335 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SECISBP2Q96T21 854 aaKnown RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 LRRC1Q9BTT6 524 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 DOHHQ9BU89 302 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 FUT8Q9BYC5 575 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 KRTAP9-8Q9BYQ0 159 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 EXO5Q9H790 373 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 NOL11Q9H8H0 719 aaKnown RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CXorf21Q9HAI6 301 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PROK2Q9HC23 129 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 AHSPQ9NZD4 102 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 B4GALT7Q9UBV7 327 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 MTRF1LQ9UGC7 380 aaKnown RBP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SLC45A2Q9UMX9 530 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 IKBKGQ9Y6K9 419 aa6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP6.63□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SPG11Q96JI7 2443 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GTF3C1Q12789 2109 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CCDC154A6NI56 674 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 LRRC3CA6NJW4 275 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 WASHC1A8K0Z3 465 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PGRMC2O15173 223 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SMIM24O75264 130 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GUCY1B2O75343 617 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TRIM3O75382 744 aaPredicted RBP6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SNX4O95219 450 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GBAP04062 536 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CLPSP04118 112 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 INHBAP08476 426 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 RFPL3SP0C7P2 107 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GATA3P23771 443 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 LMO1P25800 156 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CNTFP26441 200 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ARL1P40616 181 aaPredicted RBP6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PEX19P40855 299 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SERPINB9P50453 376 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SLC16A1P53985 500 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 FUT7Q11130 342 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 IFT88Q13099 833 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TRAF3Q13114 568 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 RPS6KA2Q15349 733 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SLC25A35Q3KQZ1 300 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CD300EQ496F6 205 aaPredicted RBP6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 GGTA1PQ4G0N0 100 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 CCNYL2Q5T2Q4 361 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 RIPPLY2Q5TAB7 128 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 FRG2Q64ET8 278 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TTC19Q6DKK2 380 aaPredicted RBP6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TAOK1Q7L7X3 1001 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PAGE2Q7Z2X7 111 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 LIX1Q8N485 282 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 IL17RDQ8NFM7 739 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 OR4K14Q8NGD5 310 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 NEIL3Q8TAT5 605 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 TRPC4APQ8TEL6 797 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 SLC44A1Q8WWI5 657 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 PHF21BQ96EK2 531 aa6.62□□□□□ -1.35
USP54-208ENST00000461520 ZNF597Q96LX8 424 aa6.62□□□□□ -1.35
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