RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515011.5

PDE4D-223, Transcript of phosphodiesterase 4D, human

TSL 1 (best)

Gene PDE4D, Length 2,175 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PDE4D-223	ENST00000515011	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		27.76	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	EXOC5	O00471	708 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	HSPA4	P34932	840 aa		27.75	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	LSG1	Q9H089	658 aa	Known RBP	27.74	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		27.74	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		27.73	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	STARD3NL	O95772	234 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	MCM2	P49736	904 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	NEK4	P51957	841 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	IL27	Q8NEV9	243 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	CERK	Q8TCT0	537 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TNNI3K	Q59H18	835 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		27.71	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TFCP2	Q12800	502 aa		27.7	■■■□□ 2.03
PDE4D-223	ENST00000515011	TCIRG1	Q13488	830 aa		27.7	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		27.7	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	HIP1	O00291	1037 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		27.69	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	CWC22	Q9HCG8	908 aa	Known RBP	27.68	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	27.67	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	ADAMTS2	O95450	1211 aa		27.67	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	GBP4	Q96PP9	640 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	ATP5J	P18859	108 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		27.66	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	27.65	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	27.65	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	MAP3K15	Q6ZN16	1313 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	SNRK	Q9NRH2	765 aa		27.65	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	TMX3	Q96JJ7	454 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		27.64	■■■□□ 2.02
PDE4D-223	ENST00000515011	SSFA2	P28290	1259 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	NUCB2	P80303	420 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		27.63	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	GPR108	Q9NPR9	543 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	PIP4K2B	P78356	416 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CUL4A	Q13619	759 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	GIGYF2	Q6Y7W6	1299 aa	Known RBP	27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	FSD1	Q9BTV5	496 aa		27.62	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	UPF3B	Q9BZI7	483 aa	Known RBP	27.61	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	PTH1R	Q03431	593 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	DDB1	Q16531	1140 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	CIAO1	O76071	339 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM227B	Q96M60	508 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	SLIT2	O94813	1529 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		27.6	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	EYA2	O00167	538 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	RASEF	Q8IZ41	740 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	KCNB2	Q92953	911 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	MED23	Q9ULK4	1368 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PDE4D-223	ENST00000515011	TRAK2	O60296	914 aa		27.58	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF609	O15014	1411 aa		27.57	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	TOM1	O60784	492 aa		27.57	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	PTMS	P20962	102 aa		27.57	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	HAUS7	Q99871	368 aa		27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011		A0A0D9SFI3	127 aa		27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	HLF	Q16534	295 aa		27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	TTC14	Q96N46	770 aa		27.56	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRC24	Q50LG9	513 aa		27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	FBXO3	Q9UK99	471 aa		27.55	■■■□□ 2
PDE4D-223	ENST00000515011	JCAD	Q9P266	1359 aa		27.55	■■■□□ 2

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.5 ms