RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486480.1

PTPRN-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-216ENST00000486480 KSR2Q6VAB6 950 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 PIM2Q9P1W9 311 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 RNF123Q5XPI4 1314 aa24.5■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 CHD4Q14839 1912 aa24.49■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 PI4KAP2A4QPH2 592 aa24.49■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 ATP5J2-PTCD1G3V325 749 aa24.49■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa24.49■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 DDX60Q8IY21 1712 aaKnown RBP24.49■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 FKBP5Q13451 457 aaPredicted RBP24.48■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 MYD88Q99836 296 aa24.48■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP24.48■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP24.47■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF428Q96B54 188 aa24.47■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 BCS1LQ9Y276 419 aa24.47■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP24.46■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP24.46■■□□□ 1.51
PTPRN-216ENST00000486480 SH3TC1Q8TE82 1336 aa24.45■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 KLRG2A4D1S0 409 aaPredicted RBP24.45■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 GRIN3BO60391 1043 aa24.45■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SRGNP10124 158 aa24.45■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SSH1Q8WYL5 1049 aa24.44■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP24.44■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SLX4Q8IY92 1834 aa24.44■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 STYK1Q6J9G0 422 aa24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 CCDC191Q8NCU4 936 aa24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 DNAAF4Q8WXU2 420 aa24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 MASTLQ96GX5 879 aa24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 NEXNQ0ZGT2 675 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 ALDH1L2Q3SY69 923 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 CRY2Q49AN0 593 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SLC10A5Q5PT55 438 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 TTLL6Q8N841 843 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 BCL2L13Q9BXK5 485 aa24.42■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 IGKV5-2P06315 115 aa24.41■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 NPR1P16066 1061 aa24.41■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SYNE4Q8N205 404 aa24.41■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP24.41■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 C3orf67Q6ZVT6 689 aa24.4■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 FAM89AQ96GI7 184 aa24.4■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 SMC4Q9NTJ3 1288 aa24.4■■□□□ 1.5
PTPRN-216ENST00000486480 F6X3S4 739 aa24.39■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 CNKSR1Q969H4 720 aa24.39■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 MYH3P11055 1940 aa24.38■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 NEURL1BA8MQ27 555 aa24.38■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 CWF19L2Q2TBE0 894 aaKnown RBP24.38■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 ZBTB38Q8NAP3 1195 aaPredicted RBP24.38■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 NLRP3Q96P20 1036 aa24.38■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP24.37■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP24.37■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 LINS1Q8NG48 757 aa24.37■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP24.37■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 PTPRCP08575 1304 aa24.36■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 FER1L6Q2WGJ9 1857 aa24.35■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP24.35■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 TAF1P21675 1872 aa24.34■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 IRS4O14654 1257 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 RARSP54136 660 aaKnown RBP24.34■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 UTRNP46939 3433 aa24.34■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 SBF1O95248 1867 aa24.33■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 GCKRQ14397 625 aa24.33■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 BEND3Q5T5X7 828 aa24.33■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 ARHGAP27Q6ZUM4 889 aa24.33■■□□□ 1.49
PTPRN-216ENST00000486480 ALDH1B1P30837 517 aa24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 BRPF1P55201 1214 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 JARID2Q92833 1246 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 CRAMP1Q96RY5 1269 aa24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 CDHR2Q9BYE9 1310 aa24.32■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 C21orf2O43822 256 aa24.31■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 SLC4A10Q6U841 1118 aa24.31■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 CCDC88AQ3V6T2 1871 aa24.3■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP24.29■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 UBE3BQ7Z3V4 1068 aa24.29■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 C7orf43Q8WVR3 580 aa24.29■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 ABCC4O15439 1325 aa24.29■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 KIF16BQ96L93 1317 aa24.29■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 H7C1W4 665 aa24.28■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 PDE8AO60658 829 aa24.28■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa24.28■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 ALDH1L1O75891 902 aa24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 SOGA3Q5TF21 947 aa24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 NOB1Q9ULX3 412 aaKnown RBP24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 COL4A1P02462 1669 aa24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 LRRC37AA6NMS7 1700 aa24.27■■□□□ 1.48
PTPRN-216ENST00000486480 NFKBIEO00221 500 aa24.26■■□□□ 1.47
PTPRN-216ENST00000486480 YY1P25490 414 aa24.26■■□□□ 1.47
PTPRN-216ENST00000486480 CASP7P55210 303 aa24.26■■□□□ 1.47
PTPRN-216ENST00000486480 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP24.25■■□□□ 1.47
PTPRN-216ENST00000486480 RASSF7Q02833 373 aa24.25■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.4 ms