RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	IGKV1D-16	P01601	117 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	HMGN2	P05204	90 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CHM	P24386	653 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	UQCRC1	P31930	480 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TIMP3	P35625	211 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CCT3	P49368	545 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ASCL1	P50553	236 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	GFRA1	P56159	465 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MAGOH	P61326	146 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TLE4	Q04727	773 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	BST1	Q10588	318 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MPP2	Q14168	576 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	SEM1	Q6ZVN7	128 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	GRAMD2A	Q8IUY3	354 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MEIOB	Q8N635	442 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	FADS6	Q8N9I5	356 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CDS1	Q92903	461 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C16orf58	Q96GQ5	468 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	STAC	Q99469	402 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TUBA1C	Q9BQE3	449 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	BTBD2	Q9BX70	525 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ACTRT3	Q9BYD9	372 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	DPY30	Q9C005	99 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	AKTIP	Q9H8T0	292 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CALHM2	Q9HA72	323 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	SIRT3	Q9NTG7	399 aa	Predicted RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MED11	Q9P086	117 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MRPS18C	Q9Y3D5	142 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MED12L	Q86YW9	2145 aa		11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ANKRD17	O75179	2603 aa	Known RBP	11.69	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CREBBP	Q92793	2442 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ADGRG4	Q8IZF6	3080 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CLCA1	A8K7I4	914 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	KDM4E	B2RXH2	506 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	SEC14L5	O43304	696 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	NDUFB5	O43674	189 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	KCNK2	O95069	426 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	OXSR1	O95747	527 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TMIGD3	P0DMS9	266 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CPN1	P15169	458 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	LBP	P18428	481 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	LCN1	P31025	176 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	STAR	P49675	285 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	LHX2	P50458	406 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF41	P51814	821 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CLNS1A	P54105	237 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	DIO3	P55073	304 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CLDN8	P56748	225 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C21orf58	P58505	322 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C17orf67	Q0P5P2	114 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CPEB4	Q17RY0	729 aa	Known RBP eCLIP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ATG16L1	Q676U5	607 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	P4HA3	Q7Z4N8	544 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	RIMKLA	Q8IXN7	391 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	GATS	Q8NAP1	163 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF527	Q8NB42	609 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	NAXE	Q8NCW5	288 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	OR4A15	Q8NGL6	344 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	OR5AK3P	Q8NH89	298 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MBD3L2	Q8NHZ7	208 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZPLD1	Q8TCW7	415 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ADAMTS15	Q8TE58	950 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	DUSP19	Q8WTR2	217 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	SMPDL3B	Q92485	455 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	HOXB13	Q92826	284 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	COQ8B	Q96D53	544 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C1GALT1C1	Q96EU7	318 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C14orf79	Q96F83	325 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TM9SF2	Q99805	663 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF559	Q9BR84	538 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	PIGQ	Q9BRB3	760 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	C20orf27	Q9GZN8	174 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ACBD3	Q9H3P7	528 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CXorf36	Q9H7Y0	433 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	DUSP22	Q9NRW4	184 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MARCO	Q9UEW3	520 aa	Predicted RBP	11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	PCDHGB4	Q9UN71	923 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	PCNX3	Q9H6A9	2034 aa		11.68	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	RNF103-CHMP3	A0A140T963	221 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	TRPC5OS	A6NMA1	111 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ALG1L2	C9J202	215 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404		H3BML4	177 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	NGFR	P08138	427 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	PEPD	P12955	493 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF708	P17019	499 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	IGFBP2	P18065	325 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CTSS	P25774	331 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CEACAM8	P31997	349 aa	Predicted RBP	11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	OPRM1	P35372	400 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	PEX19	P40855	299 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	MAP3K8	P41279	467 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF136	P52737	540 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	CLDN18	P56856	261 aa		11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	EEFSEC	P57772	596 aa	Known RBP	11.67	□□□□□ -0.54
CHMP3-208	ENST00000486404	DPY19L1	Q2PZI1	675 aa		11.67	□□□□□ -0.54

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