RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000514110.5

SNHG4-208, Transcript of small nucleolar RNA host gene 4, human

TSL 1 (best)

Gene SNHG4, Length 679 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleoplasm .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNHG4-208	ENST00000514110	TMUB1	Q9BVT8	246 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	METTL7A	Q9H8H3	244 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	GALNT9	Q9HCQ5	603 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	EHD3	Q9NZN3	535 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	BCAP29	Q9UHQ4	241 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	DMGDH	Q9UI17	866 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF225	Q9UK10	706 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CBLC	Q9ULV8	474 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF469	Q96JG9	3925 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MBD3L3	A6NE82	208 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	GOLGA6L10	A6NI86	522 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110		A8MT66	165 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TRIM49D1	C9J1S8	452 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	POC1B-GALNT4	F8VUJ3	575 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ICOSLG	O75144	302 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	GUCY1B2	O75343	617 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OR4F21	O95013	312 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OTC	P00480	354 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	COL6A2	P12110	1019 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CD99	P14209	185 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	NAGA	P17050	411 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CSNK2A2	P19784	350 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TACR1	P25103	407 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CNTF	P26441	200 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PEX19	P40855	299 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SLCO1A2	P46721	670 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SERPINB9	P50453	376 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CKAP4	Q07065	602 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PLCXD2	Q0VAA5	305 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	LTB4R	Q15722	352 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CEBPE	Q15744	281 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TCHHL1	Q5QJ38	904 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SLC30A6	Q6NXT4	461 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TMEM81	Q6P7N7	255 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	NUP54	Q7Z3B4	507 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	C1orf52	Q8N6N3	182 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OR52R1	Q8NGF1	315 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MBD3L2	Q8NHZ7	208 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FAM222B	Q8WU58	562 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	DCAKD	Q8WVC6	231 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CTHRC1	Q96CG8	243 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	KLHL29	Q96CT2	875 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	HSPBAP1	Q96EW2	488 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CNRIP1	Q96F85	164 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	LRRC46	Q96FV0	321 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	RMND5B	Q96G75	393 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ZNF681	Q96N22	645 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MRPL57	Q9BQC6	102 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	OSBPL11	Q9BXB4	747 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MRPL46	Q9H2W6	279 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ANKRA2	Q9H9E1	313 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	BRF2	Q9HAW0	419 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SERHL	Q9NQF3	203 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	HEY2	Q9UBP5	337 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MTRF1L	Q9UGC7	380 aa	Known RBP	11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MAPRE3	Q9UPY8	281 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CFL2	Q9Y281	166 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PLEKHA6	Q9Y2H5	1048 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PLLP	Q9Y342	182 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SNPH	O15079	494 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CDH16	O75309	829 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	UGT2B11	O75310	529 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	NME6	O75414	186 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	KRT38	O76015	456 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PCSK2	P16519	638 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CTSS	P25774	331 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ECHS1	P30084	290 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	HSD17B3	P37058	310 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	ALDH9A1	P49189	494 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	EMD	P50402	254 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MRPS35	P82673	323 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	DAZAP2	Q15038	168 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	11.12	□□□□□ -0.63	2e-41	■■□□□ 12.2
SNHG4-208	ENST00000514110	TAOK1	Q7L7X3	1001 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TGIF2LY	Q8IUE0	185 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	WDSUB1	Q8N9V3	476 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	C9orf106	Q8NAJ2	232 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	GOT1L1	Q8NHS2	421 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	UHMK1	Q8TAS1	419 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	LINC01560	Q8TB33	94 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	IFT81	Q8WYA0	676 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	CALHM2	Q9HA72	323 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	KLRF1	Q9NZS2	232 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	JKAMP	Q9P055	326 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FETUB	Q9UGM5	382 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TRPS1	Q9UHF7	1281 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FOXD3	Q9UJU5	478 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	SNX6	Q9UNH7	406 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MAP1A	P78559	2803 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	FRG2C	A6NGY1	282 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	TUBAL3	A6NHL2	446 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	EEF1E1-BLOC1S5	C9J1V9	151 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SNHG4-208	ENST00000514110	MANBA	O00462	879 aa		11.11	□□□□□ -0.63

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