RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000549271.1

DDX54-206, Transcript of DEAD-box helicase 54, human

TSL 2

Gene DDX54, Length 756 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDX54-206	ENST00000549271	TMEM216	Q9P0N5	145 aa		11.18	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SPRR3	Q9UBC9	169 aa		11.18	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	COPS7A	Q9UBW8	275 aa		11.18	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FETUB	Q9UGM5	382 aa		11.18	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FREM3	P0C091	2139 aa		11.18	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DOCK7	Q96N67	2140 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271		A8MT66	165 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271		G3V3Y1	287 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FOXE1	O00358	373 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	PPP6C	O00743	305 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SMIM24	O75264	130 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	RPS17	P08708	135 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CCL3	P10147	92 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	BSG	P35613	385 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SSR2	P43308	183 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DNASE1L1	P49184	302 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CCNG1	P51959	295 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TRAF3	Q13114	568 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SLAMF1	Q13291	335 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FAM219B	Q5XKK7	198 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SLC22A10	Q63ZE4	541 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	MRM1	Q6IN84	353 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	LYPD8	Q6UX82	237 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FBXW8	Q8N3Y1	598 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TANK	Q92844	425 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	MTBP	Q96DY7	904 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ART5	Q96L15	291 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ACKR4	Q9NPB9	350 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	QPCTL	Q9NXS2	382 aa		11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TUBA8	Q9NY65	449 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	NIN	Q8N4C6	2090 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TRGV5	A0A0B4J1U4	118 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ATP6AP2	A0A1C7CYW4	349 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	MBD3L4	A6NDZ8	208 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	MBD3L5	A6NJ08	208 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	WIPF1	O43516	503 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DYRK3	O43781	588 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FGF17	O60258	216 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	EED	O75530	441 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ATP6AP2	O75787	350 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CPN2	P22792	545 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TIMP3	P35625	211 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZNF136	P52737	540 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CDH13	P55290	713 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	HNRNPH2	P55795	449 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ASPH	Q12797	758 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CUL3	Q13618	768 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	UNC50	Q53HI1	259 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	C18orf63	Q68DL7	685 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SH2D5	Q6ZV89	423 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	GPR180	Q86V85	440 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	LRRC25	Q8N386	305 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZCCHC7	Q8N3Z6	543 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SLC22A8	Q8TCC7	542 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZNF483	Q8TF39	744 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ATP6V1E2	Q96A05	226 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	REPS1	Q96D71	796 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SPACA9	Q96E40	222 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FBXL20	Q96IG2	436 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DACH2	Q96NX9	599 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DGAT2	Q96PD7	388 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	LDAH	Q9H6V9	325 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZNF703	Q9H7S9	590 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DDX31	Q9H8H2	851 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZFP64	Q9NPA5	681 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SEMA4B	Q9NPR2	832 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SDAD1	Q9NVU7	687 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CNIH4	Q9P003	139 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	JKAMP	Q9P055	326 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ZNF225	Q9UK10	706 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	BOK	Q9UMX3	212 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ASB4	Q9Y574	426 aa		11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SEC23IP	Q9Y6Y8	1000 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ABCA1	O95477	2261 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	HEATR5A	Q86XA9	2040 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271		A0A0A6YYD5	115 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	IQANK1	A0A1B0GTG1	560 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271		A0A1W2PPM1	405 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	WASHC1	A8K0Z3	465 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	KDM4E	B2RXH2	506 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	GOLGA8R	I6L899	631 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TMPRSS11D	O60235	418 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	DLX3	O60479	287 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	CNOT4	O95628	575 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	EPPIN	O95925	133 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	IFNA2	P01563	188 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	SHBG	P04278	402 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	FBXO45	P0C2W1	286 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	PYGB	P11216	843 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	TSPAN8	P19075	237 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	GALNS	P34059	522 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	HSD17B3	P37058	310 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	PIGA	P37287	484 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	RAP1GDS1	P52306	607 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	PLIN5	Q00G26	463 aa		11.15	□□□□□ -0.62
DDX54-206	ENST00000549271	ID2	Q02363	134 aa		11.15	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.7 ms