RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R38	P59533	333 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS26	P62854	115 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF5A	P63241	154 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIN2C	Q14957	1233 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	VMAC	Q2NL98	169 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	OR14L1P	Q8NHC6	308 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	THAP4	Q8WY91	577 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	HS6ST2	Q96MM7	605 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKMY1	Q9P2S6	941 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	ACTL7A	Q9Y615	435 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM34	P42696	430 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFRSF4	P43489	277 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYZ	Q08257	329 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4D1	Q15615	310 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB6C	Q53S08	254 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA0895L	Q68EN5	471 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	HAGHL	Q6PII5	290 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TP53INP2	Q8IXH6	220 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	HLA-C	Q95604	372 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC7A6OS	Q96CW6	309 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SGTB	Q96EQ0	304 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TOX2	Q96NM4	488 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	MRO	Q9BYG7	248 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB6C	Q9H0N0	254 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PELI2	Q9HAT8	420 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	EPHA6	Q9UF33	1036 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC100509620	A0A075B734	347 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447		A6NLC8	198 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SDHD	O14521	159 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SCAMP2	O15127	329 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	HNRNPA1L2	Q32P51	320 aa	Known RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC36A3	Q495N2	470 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC27A4	Q6P1M0	643 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	HORMAD2	Q8N7B1	307 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PGAP3	Q96FM1	320 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	BMF	Q96LC9	184 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM121B	Q9BXQ6	578 aa	Predicted RBP	12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PTTG1	O95997	202 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC7A5P1	Q8MH63	180 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	FIZ1	Q96SL8	496 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAMTS6	Q9UKP5	1117 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	CDH10	Q9Y6N8	788 aa		12.53	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	NPIPB15	A6NHN6	443 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447		H0YAE9	185 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	CDK4	P11802	303 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	VAMP1	P23763	118 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF2S3	P41091	472 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	GALK2	Q01415	458 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	MEP1A	Q16819	746 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	NKAPL	Q5M9Q1	402 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	LIX1L	Q8IVB5	337 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SCML4	Q8N228	414 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A16	Q96FQ6	103 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RADIL	Q96JH8	1075 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RANBP3	Q9H6Z4	567 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF69	Q9UC07	566 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2AT4	A6NND4	320 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM189-UBE2V1	I3L0A0	370 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SOCS2	O14508	198 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKCA	P17252	672 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	GGT2	P36268	569 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX2	P48431	317 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2N	P61088	152 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	MALL	Q13021	153 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	GLT8D1	Q68CQ7	371 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RTL10	Q7L3V2	364 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	CHCHD4	Q8N4Q1	142 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PGAM5	Q96HS1	289 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	RDH12	Q96NR8	316 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	DPAGT1	Q9H3H5	408 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	PTGDR2	Q9Y5Y4	395 aa		12.52	□□□□□ -0.4
PTPRF-215	ENST00000496447	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	AP2S1	P53680	142 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	WNT7B	P56706	349 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN2	P57739	230 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAM15	Q13444	863 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PSD4	Q8NDX1	1056 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5AR1	Q8NGP9	310 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CRB3	Q9BUF7	120 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	TMPRSS11E	Q9UL52	423 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FARSA	Q9Y285	508 aa	Known RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	ENTPD2	Q9Y5L3	495 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R233	179 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PRAMEF2	O60811	474 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS56	P0CW18	603 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT1	P36639	197 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXRED2	Q8IWF2	684 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	MSLNL	Q96KJ4	702 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	AIG1	Q9NVV5	245 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	QPCTL	Q9NXS2	382 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR1C	O15160	346 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	FCER2	P06734	321 aa		12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
PTPRF-215	ENST00000496447	GRK5	P34947	590 aa		12.52	□□□□□ -0.41

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