RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000570139.1

CNOT1-222, Transcript of CCR4-NOT transcription complex subunit 1, human

TSL 2

Gene CNOT1, Length 458 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CNOT1-222	ENST00000570139	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	TREH	O43280	583 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	C16orf46	Q6P387	395 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	DMRTB1	Q96MA1	342 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MTR	Q99707	1265 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	BACH2	Q9BYV9	841 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MAP4K5	Q9Y4K4	846 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ABCC5	O15440	1437 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	TMEM229A	B2RXF0	380 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MPST	P25325	297 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	TMC1	Q8TDI8	760 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	IL21	Q9HBE4	155 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	FCF1	Q9Y324	198 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	PLXNC1	O60486	1568 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	GDF10	P55107	478 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ERVK-9	P63128	1117 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	SH3BP2	P78314	561 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MRS2	Q9HD23	443 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	NAIP	Q13075	1403 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	SCTR	P47872	440 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	PDE3B	Q13370	1112 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	MBD5	Q9P267	1494 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CNOT1-222	ENST00000570139	PTPRK	Q15262	1439 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ERVH48-1	M5A8F1	160 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	AAMP	Q13685	434 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TNS4	Q8IZW8	715 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	FANCA	O15360	1455 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	NEO1	Q92859	1461 aa		10.08	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	DIP2B	Q9P265	1576 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	RGS20	O76081	388 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	INHA	P05111	366 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	CDK11B	P21127	795 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	SCNN1D	P51172	638 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	PLCB3	Q01970	1234 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		10.07	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ZBTB24	O43167	697 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TSPY4	P0CV99	314 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TSPY10	P0CW01	314 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	EIF1AX	P47813	144 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ATP2B2	Q01814	1243 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	DHX9	Q08211	1270 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ABTB2	Q8N961	1025 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TSPAN10	Q9H1Z9	355 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	STIM2	Q9P246	746 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	NCOA1	Q15788	1441 aa		10.06	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	PPP1R12B	O60237	982 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	S1PR4	O95977	384 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	MAPK8	P45983	427 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	EPHA4	P54764	986 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	EHHADH	Q08426	723 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	DSC3	Q14574	896 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	CD109	Q6YHK3	1445 aa		10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	10.05	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TMC4	Q7Z404	712 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ALKBH8	Q96BT7	664 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	METTL5	Q9NRN9	209 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	PARP2	Q9UGN5	583 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ADGRL1	O94910	1474 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		10.04	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	SORBS3	O60504	671 aa		10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	CYP2U1	Q7Z449	544 aa		10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	ZNF516	Q92618	1163 aa		10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	FAM129B	Q96TA1	746 aa		10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		10.03	□□□□□ -0.8
CNOT1-222	ENST00000570139	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		10.03	□□□□□ -0.8

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