RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561505.2

CLN3-208, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene CLN3, Length 495 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-208ENST00000561505 CCDC24Q8N4L8 307 aa22.01■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 NUDCQ9Y266 331 aa22.01■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 ARFGEF2Q9Y6D5 1785 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 PPP2R1AP30153 589 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 MASTLQ96GX5 879 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 SLX4Q8IY92 1834 aa22■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 ERFEQ4G0M1 354 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 SOGA3Q5TF21 947 aa21.99■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 NBPF26B4DH59 902 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 ST5P78524 1137 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 PRPF40BQ6NWY9 871 aaKnown RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 NBPF15Q8N660 670 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 TAOK3Q9H2K8 898 aa21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 COL13A1Q5TAT6 717 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 MCM10Q7L590 875 aa21.96■■□□□ 1.11
CLN3-208ENST00000561505 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP21.95■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 ZNF652Q9Y2D9 606 aa21.95■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 NPR1P16066 1061 aa21.94■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 PIP4K2AP48426 406 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 L3MBTL3Q96JM7 780 aaPredicted RBP21.94■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 PCNTO95613 3336 aa21.93■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP21.93■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 DDNO94850 711 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 DCTN1Q14203 1278 aa21.92■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 TPTE2Q6XPS3 522 aa21.92■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 CHADLQ6NUI6 762 aa21.91■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 SNED1Q8TER0 1413 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 CCDC93Q567U6 631 aa21.9■■□□□ 1.1
CLN3-208ENST00000561505 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP21.89■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 CREBZFQ9NS37 354 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 NIP7Q9Y221 180 aaKnown RBP eCLIP21.89■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 ERVV-1B6SEH8 477 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 NPHP1O15259 732 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 POTEIP0CG38 1075 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 POTEJP0CG39 1038 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 HLFQ16534 295 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 CRY2Q49AN0 593 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 SCN4AP35499 1836 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 PASKQ96RG2 1323 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 PLEKHF1Q96S99 279 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 RIC1Q4ADV7 1423 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 IQCA1LA6NCM1 817 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 ALDH1B1P30837 517 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 RTKN2Q8IZC4 609 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 LAMB4A4D0S4 1761 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 CACNA1SQ13698 1873 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 KDM3BQ7LBC6 1761 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 FZD9O00144 591 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 EIF4A1P60842 406 aaKnown RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 LDHDQ86WU2 507 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 MIS18AQ9NYP9 233 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 HOXA10P31260 410 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 PSMD1Q99460 953 aa21.83■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 ADAMTSL1Q8N6G6 1762 aa21.83■■□□□ 1.09
CLN3-208ENST00000561505 OLFM4Q6UX06 510 aa21.82■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 MAP3K15Q6ZN16 1313 aa21.81■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 CC2D2BQ6DHV5 1058 aa21.81■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 NYXQ9GZU5 481 aa21.81■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 ZNF541Q9H0D2 1346 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 DLG5Q8TDM6 1919 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 ABCC12Q96J65 1359 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 NFE2L2Q16236 605 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 TNS4Q8IZW8 715 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 ERBB4Q15303 1308 aa21.8■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 CNTNAP1P78357 1384 aa21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 NUP98P52948 1817 aa21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 IARSP41252 1262 aaKnown RBP21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 LRP10Q7Z4F1 713 aa21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 ZNF34Q8IZ26 560 aa21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 SYNE4Q8N205 404 aa21.79■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 GRIPAP1Q4V328 841 aa21.78■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 TTLL7Q6ZT98 887 aa21.78■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 HACL1Q9UJ83 578 aa21.78■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 UBN2Q6ZU65 1347 aa21.78■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 GPC2Q8N158 579 aa21.77■■□□□ 1.08
CLN3-208ENST00000561505 FAM177BA6PVY3 158 aa21.76■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 CRAMP1Q96RY5 1269 aa21.76■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 NEFMP07197 916 aa21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 EPHX2P34913 555 aa21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 GIGYF2Q6Y7W6 1299 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 NUTM1Q86Y26 1132 aa21.75■■□□□ 1.07
CLN3-208ENST00000561505 NTSR2O95665 410 aa21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.6 ms