RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 DEFB127Q9H1M4 99 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DPH5Q9H2P9 285 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ALG9Q9H6U8 611 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SDAD1Q9NVU7 687 aaKnown RBP eCLIP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GRHL1Q9NZI5 618 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PHF11Q9UIL8 331 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RNF6Q9Y252 685 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 UTP11Q9Y3A2 253 aaKnown RBP17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 HRH3Q9Y5N1 445 aa17.06■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FIGNL2A6NMB9 653 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC35E2BP0CK96 405 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 EPB42P16452 691 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PIK3CBP42338 1070 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GPX6P59796 221 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TLE4Q04727 773 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 EMC4Q5J8M3 183 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OR4C11Q6IEV9 310 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GRHL2Q6ISB3 625 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CEP128Q6ZU80 1094 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC15A4Q8N697 577 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RHEBL1Q8TAI7 183 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNF721Q8TF20 911 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TANKQ92844 425 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 EXT2Q93063 718 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD9Q96BM1 317 aaPredicted RBP17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DGAT2Q96PD7 388 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PELOQ9BRX2 385 aaKnown RBP17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RAB17Q9H0T7 212 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 L2HGDHQ9H9P8 463 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 LIN28AQ9H9Z2 209 aaKnown RBP17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 EXPH5Q8NEV8 1989 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 NCKAP5O14513 1909 aa17.05■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PINLYPA6NC86 204 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SUPT3HB4E1H0 165 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 AQP7O14520 342 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RAD51CO43502 376 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SUSD5O60279 629 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 UGDHO60701 494 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SUPT3HO75486 399 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PDE9AO76083 593 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 P04436 131 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PCNAP12004 261 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TLX1P31314 330 aaPredicted RBP17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PHEXP78562 749 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PLIN5Q00G26 463 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLMAPQ14BN4 828 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GXYLT1Q4G148 440 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FAM47EQ6ZV65 393 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNF572Q7Z3I7 529 aaPredicted RBP17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZCCHC7Q8N3Z6 543 aaKnown RBP17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PPM1NQ8N819 430 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLC22A8Q8TCC7 542 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RGMAQ96B86 450 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RBM18Q96H35 190 aaKnown RBP17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PRM3Q9NNZ6 103 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 KCNJ16Q9NPI9 418 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PCDHGA11Q9Y5H2 935 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SPG11Q96JI7 2443 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FAM166BA8MTA8 275 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ATP8B1O43520 1251 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ETHE1O95571 254 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TGFB1P01137 390 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 IGKV3-11P04433 115 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 MSX1P28360 303 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TFF3Q07654 80 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DMTNQ08495 405 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SLAMF1Q13291 335 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNF750Q32MQ0 723 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PIGGQ5H8A4 983 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 LIPJQ5W064 366 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TRILQ7L0X0 811 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ZNF321PQ8N8H1 164 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 OR5M3Q8NGP4 307 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 REPS1Q96D71 796 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FBXL20Q96IG2 436 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SMC6Q96SB8 1091 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RPF2Q9H7B2 306 aaKnown RBP17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 PSD3Q9NYI0 1048 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ACOT9Q9Y305 439 aa17.04■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 NPIPA2E9PIF3 369 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 NPIPA3F8WFD2 350 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RTCAO00442 366 aaKnown RBP17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 FGF17O60258 216 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 HCN1O60741 890 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 WDR1O75083 606 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 HOXD4P09016 255 aaPredicted RBP17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ACVR2AP27037 513 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 BUD31P41223 144 aaPredicted RBP17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 RAP1GDS1P52306 607 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TNFRSF17Q02223 184 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 DLG1Q12959 904 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SPRED3Q2MJR0 410 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 CDH24Q86UP0 819 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 GPR180Q86V85 440 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 ST13P4Q8IZP2 240 aaPredicted RBP17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 TMEM251Q8N6I4 163 aa17.03■□□□□ 0.32
CLN3-241ENST00000635861 SARAFQ96BY9 339 aa17.03■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 47.4 ms