RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRIM2	P49643	509 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	AMDHD1	Q96NU7	426 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GLIPR2	Q9H4G4	154 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SIRT3	Q9NTG7	399 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	UCKL1	Q9NWZ5	548 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAP4K5	Q9Y4K4	846 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600		A0A1B0GVT2	93 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PGRMC2	O15173	223 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EIF2S1	P05198	315 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NR2F6	P10588	404 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GNS	P15586	552 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CKMT2	P17540	419 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EPHA4	P54764	986 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FOLH1	Q04609	750 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C16orf72	Q14CZ0	275 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NKG7	Q16617	165 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPDYE7P	Q495Y7	208 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZC3H12B	Q5HYM0	836 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C18orf63	Q68DL7	685 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IRGC	Q6NXR0	463 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CBLL1	Q75N03	491 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EIF3M	Q7L2H7	374 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC30A8	Q8IWU4	369 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCDC3	Q9BQI4	270 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRDM9	Q9NQV7	894 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DNAAF2	Q9NVR5	837 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MS4A12	Q9NXJ0	267 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PADI4	Q9UM07	663 aa		27.55	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRKRA	O75569	313 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MT-ND1	P03886	318 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TDGF1	P13385	188 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CTSK	P43235	329 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NCBP2	P52298	156 aa	Known RBP eCLIP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MED21	Q13503	144 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF630	Q2M218	657 aa	Predicted RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DEFB134	Q4QY38	66 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMEM214	Q6NUQ4	689 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CSNK1A1L	Q8N752	337 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF597	Q96LX8	424 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KNL1	Q8NG31	2342 aa		27.54	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GLOD5	A6NK44	160 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LAMTOR5	O43504	91 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SH3BP5	O60239	455 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ERAL1	O75616	437 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PRSS23	O95084	383 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF682	O95780	498 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DHPS	P49366	369 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TNFRSF17	Q02223	184 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DGLUCY	Q7Z3D6	616 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPRED1	Q7Z699	444 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAL2	Q969L2	176 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NR1H4	Q96RI1	486 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC29A1	Q99808	456 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IL21R	Q9HBE5	538 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DNAJB9	Q9UBS3	223 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SNX11	Q9Y5W9	270 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RHPN2P1	A8MT19	583 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TXNDC9	O14530	226 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CSNK2A2	P19784	350 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CPN2	P22792	545 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GPC1	P35052	558 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCT3	P49368	545 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CDK9	P50750	372 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DSTN	P60981	165 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SCARB2	Q14108	478 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPIDR	Q14159	915 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CEBPE	Q15744	281 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NRF1	Q16656	503 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C6orf132	Q5T0Z8	1188 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PMS2CL	Q68D20	193 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VPS50	Q96JG6	964 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RAB33B	Q9H082	229 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LYRM4	Q9HD34	91 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SEMA3G	Q9NS98	782 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OAZ3	Q9UMX2	235 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC22A7	Q9Y694	548 aa		27.53	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DENR	O43583	198 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TLX1	P31314	330 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VSX2	P58304	361 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ELOA	Q14241	798 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMEM64	Q6YI46	380 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C6orf120	Q7Z4R8	191 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EPHX4	Q8IUS5	362 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EDA	Q92838	391 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TCTN2	Q96GX1	697 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ASPSCR1	Q9BZE9	553 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADPRHL2	Q9NX46	363 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KCMF1	Q9P0J7	381 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DAPP1	Q9UN19	280 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF780B	Q9Y6R6	833 aa		27.52	■■■□□ 2
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC9B1P1	A6NJY1	282 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SOCS2	O14508	198 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CST1	P01037	141 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ARAF	P10398	606 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MPI	P34949	423 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CASP9	P55211	416 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LIM2	P55344	173 aa		27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LARP7	Q4G0J3	582 aa	Known RBP eCLIP	27.51	■■□□□ 1.99
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SAMD14	Q8IZD0	417 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99

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