RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 AGPAT4Q9NRZ5 378 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 DCDC2Q9UHG0 476 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TSC22D4Q9Y3Q8 395 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MMACHCQ9Y4U1 282 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CLDN16Q9Y5I7 305 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CPAMD8Q8IZJ3 1885 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 A0A0G2JN53 185 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 COPEO14579 308 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 GFAPP14136 432 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SERPINB1P30740 379 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CRHR1P34998 444 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CCT5P48643 541 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PLA2G16P53816 162 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 RAB38P57729 211 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 NR6A1Q15406 480 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PFKFB4Q16877 469 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ACER2Q5QJU3 275 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 GRHL2Q6ISB3 625 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MED27Q6P2C8 311 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HDXQ7Z353 690 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 NFAM1Q8NET5 270 aaPredicted RBP18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 GRHL3Q8TE85 626 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 FAR1Q8WVX9 515 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PGM2Q96G03 612 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ZNF354BQ96LW1 612 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 F2RL3Q96RI0 385 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MS4A8Q9BY19 250 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 EMCNQ9ULC0 261 aa18.04■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PTPN13Q12923 2485 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 A8MUI8 341 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CYR61O00622 381 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 B3GALT2O43825 422 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MYZAPP0CAP1 466 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CREB1P16220 341 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MTTPP55157 894 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HSD17B7P56937 341 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ZNF33BQ06732 778 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TNFAIP8L3Q5GJ75 292 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TEX9Q8N6V9 391 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 BANPQ8N9N5 519 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OR7G3Q8NG95 312 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ADAMTS18Q8TE60 1221 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 APOPT1Q96IL0 206 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 C12orf65Q9H3J6 166 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 KCNK13Q9HB14 408 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 KCMF1Q9P0J7 381 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 HECTD1Q9ULT8 2610 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 DAPP1Q9UN19 280 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 DOPEY2Q9Y3R5 2298 aa18.03■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 OR5H15A6NDH6 313 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LIM2P55344 173 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TGM3Q08188 693 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 INAQ16352 499 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 EIF2S3LQ2VIR3 472 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TMEM35AQ53FP2 167 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 FHL5Q5TD97 284 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LIPJQ5W064 366 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ZNF324BQ6AW86 544 aaPredicted RBP18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 CRLF3Q8IUI8 442 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LGI4Q8N135 537 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ST6GALNAC3Q8NDV1 305 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SRFBP1Q8NEF9 429 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 KCNC2Q96PR1 638 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SMC6Q96SB8 1091 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TBCDQ9BTW9 1192 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 MKS1Q9NXB0 559 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 SENP1Q9P0U3 644 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 ADGRE2Q9UHX3 823 aa18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 PPIEQ9UNP9 301 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 TNPO3Q9Y5L0 923 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
CLN3-260ENST00000637578 LRRC14BA6NHZ5 514 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 SAGE2PA6NJ88 616 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 E2F3O00716 465 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 CDK2AP1O14519 115 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 UGDHO60701 494 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 SMIM24O75264 130 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 SPAG7O75391 227 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 SCELO95171 688 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 HNRNPFP52597 415 aaKnown RBP18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 TERF2Q15554 542 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 MEP1AQ16819 746 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 FCRLBQ6BAA4 426 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 ZNF595Q8IYB9 648 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 BEST3Q8N1M1 668 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 ARMC10Q8N2F6 343 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 PTGR2Q8N8N7 351 aaPredicted RBP18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 TMEM52Q8NDY8 209 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 ARMC2Q8NEN0 867 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 PSMG3-AS1Q96PY0 264 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 TAAR6Q96RI8 345 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 ROGDIQ9GZN7 287 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 LYRM4Q9HD34 91 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 GRID1Q9ULK0 1009 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 POLEQ07864 2286 aa18.01■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 ANKUB1A6NFN9 424 aa18■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 GOLGA6L10A6NI86 522 aa18■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 TGFBR3LH3BV60 316 aa18■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 MAN1A2O60476 641 aa18■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 PLIN3O60664 434 aa18■□□□□ 0.47
CLN3-260ENST00000637578 SEMA7AO75326 666 aa18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 52 ms