RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000480104.5

USP11-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 11, human

TSL 3

Gene USP11, Length 697 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP11-208	ENST00000480104	CAVIN3	Q969G5	261 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	TSSK1B	Q9BXA7	367 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	OPN3	Q9H1Y3	402 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ACBD3	Q9H3P7	528 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MANSC1	Q9H8J5	431 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PROK2	Q9HC23	129 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	HOMER3	Q9NSC5	361 aa		10.81	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PRR14L	Q5THK1	2151 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	KCNE1B	A0A087WTH5	132 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	FRG2C	A6NGY1	282 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	C3orf70	A6NLC5	250 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	TRAPPC6A	O75865	159 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ANXA9	O76027	345 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CCDC166	P0CW27	439 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	COIL	P38432	576 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	GZMK	P49863	264 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	NUDT6	P53370	316 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	GAB1	Q13480	694 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	KRT31	Q15323	416 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	NHSL2	Q5HYW2	709 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SLC22A10	Q63ZE4	541 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	HSDL2	Q6YN16	418 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CLEC17A	Q6ZS10	378 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ASPG	Q86U10	573 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	LDB1	Q86U70	411 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	RFX6	Q8HWS3	928 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	BANP	Q8N9N5	519 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZNF740	Q8NDX6	193 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ELOA3	Q8NG57	546 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MAGEC3	Q8TD91	643 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SMAP2	Q8WU79	429 aa	Predicted RBP	10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	UCN3	Q969E3	161 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	FBXW5	Q969U6	566 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	TM4SF19	Q96DZ7	209 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	GBA3	Q9H227	469 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	HAUS4	Q9H6D7	363 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	DTX4	Q9Y2E6	619 aa		10.8	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MED12L	Q86YW9	2145 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZNF487	B1APH4	448 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SMAP	O00193	183 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ACSL3	O95573	720 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SERPINC1	P01008	464 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SLC25A16	P16260	332 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZFX	P17010	805 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	KCNJ5	P48544	419 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CDK9	P50750	372 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	EEF1A1	P68104	462 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CR1L	Q2VPA4	569 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZNF791	Q3KP31	576 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	VWA1	Q6PCB0	445 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PPHLN1	Q8NEY8	458 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	LILRB1	Q8NHL6	650 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	RAB3IL1	Q8TBN0	382 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PAQR8	Q8TEZ7	354 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SLC13A3	Q8WWT9	602 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	WNT2B	Q93097	391 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ABTB1	Q969K4	478 aa	Predicted RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MSI2	Q96DH6	328 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	STARD4	Q96DR4	205 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	FOPNL	Q96NB1	174 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SLC39A3	Q9BRY0	314 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CARD6	Q9BX69	1037 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MAK16	Q9BXY0	300 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ISCU	Q9H1K1	167 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	RHBG	Q9H310	441 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MAPRE3	Q9UPY8	281 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PCDHGB1	Q9Y5G3	927 aa		10.79	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CCDC162P	A2VCL2	907 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	MYO1C	O00159	1063 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PSMD12	O00232	456 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	AVIL	O75366	819 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	C1QA	P02745	245 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CYP1A2	P05177	515 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SLC35G6	P0C7Q6	338 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	SRP14	P37108	136 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CCR8	P51685	355 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	PNLIPRP1	P54315	467 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ANKRD20A4	Q4UJ75	823 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	EIPR1	Q53HC9	387 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	AWAT1	Q58HT5	328 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ANKRD20A2	Q5SQ80	823 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ANKRD20A1	Q5TYW2	823 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ANKRD20A3	Q5VUR7	823 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ADAM5	Q6NVV9	412 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ADGRE4P	Q86SQ3	457 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZNF321P	Q8N8H1	164 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CNEP1R1	Q8N9A8	125 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	THAP11	Q96EK4	314 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ZNF597	Q96LX8	424 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	VAT1	Q99536	393 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	DOHH	Q9BU89	302 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	ELOVL5	Q9NYP7	299 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104	CLCF1	Q9UBD9	225 aa		10.78	□□□□□ -0.68
USP11-208	ENST00000480104		A0A1W2PP18	115 aa		10.77	□□□□□ -0.69
USP11-208	ENST00000480104		H0Y3Z8	333 aa		10.77	□□□□□ -0.69

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