RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 TGFB1P01137 390 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 IFNA4P05014 189 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 CASP7P55210 303 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ZBED5Q49AG3 693 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GALNT15Q8N3T1 639 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TRAM1L1Q8N609 369 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SYT4Q9H2B2 425 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SLC22A14Q9Y267 594 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ECI2O75521 394 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 UNGP13051 313 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ZNF45Q02386 682 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HAGHLQ6PII5 290 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 DCAF4L2Q8NA75 395 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RCBTB1Q8NDN9 531 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 Q9Y3F1 56 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 CIB4A0PJX0 185 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 A6NCN8 305 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 LASP1Q14847 261 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TRAM2Q15035 370 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TMEM69Q5SWH9 247 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SPRYD4Q8WW59 207 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GLYATL1Q969I3 302 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TMBIM1Q969X1 311 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 EMID1Q96A84 441 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 COQ10BQ9H8M1 238 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 KHNYNO15037 678 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GBX1Q14549 363 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 BCL2L15Q5TBC7 163 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ARHGAP11AQ6P4F7 1023 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 IL17RCQ8NAC3 791 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 H7C2Y5 167 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SLC16A8O95907 504 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 BDKRB1P46663 353 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 MAN2A2P49641 1150 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HMGCS1Q01581 520 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HSD17B12Q53GQ0 312 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 FBXL22Q6P050 247 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HOXB13Q92826 284 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ENAMQ9NRM1 1142 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ATRNL1Q5VV63 1379 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 C2orf92A0A1B0GVN3 265 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 A6NLC8 198 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HGSNATQ68CP4 663 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GDF6Q6KF10 455 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SPATC1Q76KD6 591 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TRAPPC6BQ86SZ2 158 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 PYCR2Q96C36 320 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 A8MUI8 341 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RPS24P62847 133 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GSTM4Q03013 218 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 KCTD18Q6PI47 426 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 OR9A4Q8NGU2 314 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 THAP4Q8WY91 577 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RELTQ969Z4 430 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 CD93Q9NPY3 652 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RPS2P15880 293 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 HADHBP55084 474 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RPS15P62841 145 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ARL6IP1Q15041 203 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 LIPJQ5W064 366 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ZNF367Q7RTV3 350 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 GIMAP5Q96F15 307 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 OR52B2Q96RD2 323 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 CGREF1Q99674 301 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SLC39A1Q9NY26 324 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ZFR2Q9UPR6 939 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 MGAT4BQ9UQ53 548 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TIMM8BQ9Y5J9 83 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 VILLO15195 856 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ASGR2P07307 311 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 CHRM5P08912 532 aaPredicted RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 UQCRC1P31930 480 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RPS13P62277 151 aaKnown RBP9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 DSC3Q14574 896 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 KIAA0319Q5VV43 1072 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 C1orf94Q6P1W5 598 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 IQCKQ8N0W5 287 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 TSGA13Q96PP4 275 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SLC6A7Q99884 636 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 FAM86C1Q9NVL1 165 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 FBXL3Q9UKT7 428 aa9□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ARVCFO00192 962 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 APBB3O95704 486 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 MT-CO2P00403 227 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 EDNRBP24530 442 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RBMS1P29558 406 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 DAOAP59103 153 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RAB31Q13636 194 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 PTPRRQ15256 657 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 VTCN1Q7Z7D3 282 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 PHOSPHO1Q8TCT1 267 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 COPZ2Q9P299 210 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 PCDHGA6Q9Y5G7 932 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 MSX1P28360 303 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 RRAS2P62070 204 aaPredicted RBP8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 LRRC73Q5JTD7 316 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 ZNF598Q86UK7 904 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 SULT4A1Q9BR01 284 aa8.99□□□□□ -0.97
CUX1-201ENST00000292535 POLDIP3Q9BY77 421 aaKnown RBP8.99□□□□□ -0.97
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 58.2 ms