RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	MEX3D	Q86XN8	651 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	KLHDC9	Q8NEP7	349 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC9A6	Q92581	669 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	UFD1	Q92890	307 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MAPKAP1	Q9BPZ7	522 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	DPCD	Q9BVM2	203 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MND1	Q9BWT6	205 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RACGAP1	Q9H0H5	632 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ACTL8	Q9H568	366 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FNIP2	Q9P278	1114 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	OARD1	Q9Y530	152 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB11	Q9Y5F2	797 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	LOC102723532	A0A0G2JNH3	316 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147		A0A1W2PRB8	838 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ALX3	O95076	343 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CDC20	Q12834	499 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NFATC2	Q13469	925 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BCDIN3D	Q7Z5W3	292 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NIPSNAP1	Q9BPW8	284 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TTLL2	Q9BWV7	592 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF639	Q9UID6	485 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	EIF3F	O00303	357 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PGRMC2	O15173	223 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NUPL2	O15504	423 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SGTA	O43765	313 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GJB5	O95377	273 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CLEC2L	P0C7M8	214 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PRKCA	P17252	672 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RPS19	P39019	145 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MEF2A	Q02078	507 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	UBQLNL	Q8IYU4	475 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	DENND6B	Q8NEG7	585 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SUSD3	Q96L08	255 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BBS4	Q96RK4	519 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	C11orf54	Q9H0W9	315 aa	Predicted RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CDV3	Q9UKY7	258 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NCKAP1	Q9Y2A7	1128 aa		10.62	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CACNG3	O60359	315 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	AVPR1B	P47901	424 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	BLVRA	P53004	296 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	RPS13	P62277	151 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FADD	Q13158	208 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CEACAM20	Q6UY09	585 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	EQTN	Q9NQ60	294 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NDRG4	Q9ULP0	352 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PRSS21	Q9Y6M0	314 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TEX28	O15482	410 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SCO1	O75880	301 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ACPP	P15309	386 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PTX3	P26022	381 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	APEX1	P27695	318 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	NOS3	P29474	1203 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CRISP3	P54108	245 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ATP12A	P54707	1039 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PLAG1	Q6DJT9	500 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CAPN13	Q6MZZ7	669 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	LINC00299	Q6ZSB3	139 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	IZUMO1	Q8IYV9	350 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	LKAAEAR1	Q8TD35	194 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SLC7A6	Q92536	515 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ELOVL2	Q9NXB9	296 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CLEC2D	Q9UHP7	191 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ERVW-1	Q9UQF0	538 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	ITM2B	Q9Y287	266 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	AOC2	O75106	756 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CELF2	O95319	508 aa	Known RBP	10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	KLK1	P06870	262 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	OR3A3	P47888	321 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GINS1	Q14691	196 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SMARCD3	Q6STE5	483 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	SBSN	Q6UWP8	590 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CBLL1	Q75N03	491 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	VN1R5	Q7Z5H4	357 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	FGD2	Q7Z6J4	655 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	IL17RD	Q8NFM7	739 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	HRASLS5	Q96KN8	279 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TM9SF2	Q99805	663 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CSNK1G1	Q9HCP0	422 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	STOML2	Q9UJZ1	356 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	GPR52	Q9Y2T5	361 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CPSF4L	A6NMK7	179 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	AKR7A2	O43488	359 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	KCNK5	O95279	499 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	PRL	P01236	227 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	H1F0	P07305	194 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	AKR1A1	P14550	325 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CXCR2	P25025	360 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	CSK	P41240	450 aa		10.6	□□□□□ -0.71
CLN3-244	ENST00000636147	TAS2R50	P59544	299 aa		10.6	□□□□□ -0.71

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