RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	MKKS	Q9NPJ1	570 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PIH1D1	Q9NWS0	290 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GFOD1	Q9NXC2	390 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HCN3	Q9P1Z3	774 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHL8	Q9P2G9	620 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CGGBP1	Q9UFW8	167 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TEKT2	Q9UIF3	430 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	NENF	Q9UMX5	172 aa		4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SF3B6	Q9Y3B4	125 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ESYT3	A0FGR9	886 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SHISA3	A0PJX4	238 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FEZF1	A0PJY2	475 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	C5orf60	A6NFR6	353 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	USP27X	A6NNY8	438 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TARM1	B6A8C7	271 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511		G3V3Y1	287 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	NDC80	O14777	642 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PEX1	O43933	1283 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CRLF1	O75462	422 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GPC4	O75487	556 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDC123	O75794	336 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MLYCD	O95822	493 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM153B	P0C7A2	387 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MYBL2	P10244	700 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TNNT1	P13805	278 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TACR1	P25103	407 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RBL1	P28749	1068 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FOXN2	P32314	431 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MLF1	P58340	268 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HSPA14	Q0VDF9	509 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MPP3	Q13368	585 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	DAZAP2	Q15038	168 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PCBP2	Q15366	365 aa	Known RBP eCLIP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MINDY4	Q4G0A6	757 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FLYWCH1	Q4VC44	716 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KAZN	Q674X7	775 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	HMBOX1	Q6NT76	420 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPP1R2P3	Q6NXS1	205 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PAPD4	Q6PIY7	484 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SUSD1	Q6UWL2	747 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LDB1	Q86U70	411 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PAQR7	Q86WK9	346 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RPS19BP1	Q86WX3	136 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC50	Q8IVM0	306 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MAP7D3	Q8IWC1	876 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ULK2	Q8IYT8	1036 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC22A15	Q8IZD6	547 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CSNK1A1L	Q8N752	337 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM98A	Q8NCA5	519 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MAPK1IP1L	Q8NDC0	245 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ADCY4	Q8NFM4	1077 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	M1AP	Q8TC57	530 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ELP5	Q8TE02	316 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TFB1M	Q8WVM0	346 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDKN2AIPNL	Q96HQ2	116 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	OR2A5	Q96R48	311 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SH3GL2	Q99962	352 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM118B	Q9BPY3	351 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	AARSD1	Q9BTE6	412 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LIN28A	Q9H9Z2	209 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MMP25	Q9NPA2	562 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	LUC7L	Q9NQ29	371 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	C14orf105	Q9NVL8	296 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GPATCH2	Q9NW75	528 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RSPH14	Q9UHP6	348 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	MYO6	Q9UM54	1294 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KLK4	Q9Y5K2	254 aa		4.92	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ALPK2	Q86TB3	2170 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC162P	A2VCL2	907 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511		A8MUA0	341 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SGK494	L7N484	410 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SYT5	O00445	386 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	TBX1	O43435	398 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PRKN	O60260	465 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CST8	O60676	142 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SUN1	O94901	812 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	C1orf105	O95561	183 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	KRT1	P04264	644 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GSN	P06396	782 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	IL1RN	P18510	177 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ENDOU	P21128	410 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ACVR2A	P27037	513 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PSMB4	P28070	264 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CDKN2B	P42772	138 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	XCR1	P46094	333 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	AGFG1	P52594	562 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	NR1H2	P55055	460 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC26A5	P58743	744 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	UBE2H	P62256	183 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	BTG2	P78543	158 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	PPP2R2B	Q00005	443 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	RHAG	Q02094	409 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	USP10	Q14694	798 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	GPR33	Q49SQ1	333 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	CCDC38	Q502W7	563 aa		4.91	□□□□□ -1.62
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF449	Q6P9G9	518 aa		4.91	□□□□□ -1.62

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