RNA–Protein interactions for RNA: YHR088W

RPF1, Transcript of Protein involved in assembly and export of the large ribosomal subunit, yeast

Gene RPF1, Length 888 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPF1	YHR088W	UGA2	P38067	497 aa		4.98	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	HMI1	Q12039	706 aa		4.98	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	RPL11B	Q3E757	174 aa	Predicted RBP	4.98	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	ATE1	P16639	503 aa		4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	MCM7	P38132	845 aa		4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	IOC3	P43596	787 aa		4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	MSE1	P48525	536 aa		4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	MCM6	P53091	1017 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	TAF7	Q05021	590 aa		4.97	□□□□□ -1.61
RPF1	YHR088W	LYP1	P32487	611 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	SLA2	P33338	968 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	PNT1	P38969	423 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	SPR28	Q04921	423 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	YLR224W	Q05947	369 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	TMA10	Q06177	86 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	SPP382	Q06411	708 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	NTO1	Q12311	748 aa		4.96	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	BI4	P03879	638 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	EMC1	P25574	760 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	DCG1	P32460	244 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	PEP7	P32609	515 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	MXR1	P40029	184 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	FYV10	P40492	516 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	YAP6	Q03935	383 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	YLL058W	Q12198	575 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	RKM4	Q12504	494 aa		4.95	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	PMA1	P05030	918 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	MNR2	P35724	969 aa		4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	MND2	P40577	368 aa		4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	KRI1	P42846	591 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	GTF1	P53260	183 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	NOP8	Q08287	484 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	POA1	P38218	177 aa		4.93	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	MET12	P46151	657 aa		4.93	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	TAD3	Q9URQ3	322 aa		4.93	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	TRP2	P00899	507 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	CDC34	P14682	295 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	DBP2	P24783	546 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	MET10	P39692	1035 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	AIM21	P40563	679 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	HFM1	P51979	1187 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	ADY3	Q07732	790 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	TPO1	Q07824	586 aa		4.92	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	HIS5	P07172	385 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	PET112	P33893	541 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	ZRG8	P40021	1076 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	TYW3	P53177	273 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	CTF4	Q01454	927 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	YML020W	Q03722	664 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	OSW2	Q12202	724 aa		4.91	□□□□□ -1.62
RPF1	YHR088W	DUT1	P33317	147 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	DEF1	P35732	738 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	CHA4	P43634	648 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	MTC3	P53077	123 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	NAB6	Q03735	1134 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.9	□□□□□ -1.63	not detected
RPF1	YHR088W	SPO20	Q04359	397 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	INO1	P11986	533 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YKL107W	P34251	309 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ATG19	P35193	415 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YAP1801	P38856	637 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	PLB1	P39105	664 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	NAP1	P25293	417 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	PIN4	P34217	668 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.88	□□□□□ -1.63	not detected
RPF1	YHR088W	GCV2	P49095	1034 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	PSP2	P50109	593 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SUN4	P53616	420 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	EEB1	Q02891	456 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ENA1	P13587	1091 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	FUN30	P31380	1131 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	RPC82	P32349	654 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SIP5	P40210	489 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	PHO23	P50947	330 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	EXG2	P52911	562 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YGR012W	P53206	393 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ENA2	Q01896	1091 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ENA5	Q12691	1091 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	HSF1	P10961	833 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	CHS7	P38843	316 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YGL176C	P46945	554 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SLI1	P53304	468 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	OYE2	Q03558	400 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	MDM38	Q08179	573 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	CCC2	P38995	1004 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SRT1	Q03175	343 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ENB1	Q08299	606 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YPL066W	Q12194	479 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	PFK1	P16861	987 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	ECM21	P38167	1117 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	MSS4	P38994	779 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	YGR053C	P53234	283 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SRP1	Q02821	542 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	CDA1	Q06702	301 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	XYL2	Q07993	356 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	AIM39	Q08223	395 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	GUP2	Q08929	609 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPF1	YHR088W	SPE1	P08432	466 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	RAD53	P22216	821 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	MOT2	P34909	587 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	URM1	P40554	99 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
RPF1	YHR088W	YKL151C	P36059	337 aa		4.82	□□□□□ -1.64

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