RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540445.5

LMO3-222, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 2 BASIC

Gene LMO3, Length 906 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-222	ENST00000540445	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		12.02	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		12.02	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ATP10D	Q9P241	1426 aa		12.02	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	SCN7A	Q01118	1682 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	C1QTNF8	P60827	252 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	DDR1	Q08345	913 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	FKBP8	Q14318	412 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		12.01	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	BTBD11	A6QL63	1104 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	STARD3NL	O95772	234 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	KCNA3	P22001	575 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	TM4SF1	P30408	202 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF790	Q6PG37	636 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ANKRD31	Q8N7Z5	1873 aa		12	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445		A0A0G2JLW4	131 aa		11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	DPEP1	P16444	411 aa		11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	PIAS4	Q8N2W9	510 aa	Predicted RBP	11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	COL15A1	P39059	1388 aa		11.99	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	MCM10	Q7L590	875 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	NARF	Q9UHQ1	456 aa		11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	11.98	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	FMNL2	Q96PY5	1086 aa		11.97	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	DCTN1	Q14203	1278 aa		11.96	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	BCS1L	Q9Y276	419 aa		11.96	□□□□□ -0.49
LMO3-222	ENST00000540445	CEP350	Q5VT06	3117 aa		11.96	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445		A0A087WZG4	1122 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	KCNQ3	O43525	872 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	NFIX	Q14938	502 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	RALBP1	Q15311	655 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	CACNA1S	Q13698	1873 aa		11.94	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	11.94	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		11.94	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	ARFGEF2	Q9Y6D5	1785 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	A1BG	P04217	495 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	ARHGAP27	Q6ZUM4	889 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	PIM2	Q9P1W9	311 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	USP16	Q9Y5T5	823 aa		11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	11.93	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	SERPINB2	P05120	415 aa		11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	CHRNA5	P30532	468 aa		11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		11.92	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	FER1L6	Q2WGJ9	1857 aa		11.91	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	KIF3C	O14782	793 aa		11.91	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		11.91	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		11.9	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	NPHP1	O15259	732 aa		11.9	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	NFE2L2	Q16236	605 aa		11.9	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	NUP98	P52948	1817 aa		11.9	□□□□□ -0.5
LMO3-222	ENST00000540445	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		11.89	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	CAMTA2	O94983	1202 aa		11.89	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		11.89	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	SLX4	Q8IY92	1834 aa		11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	RIPK4	P57078	832 aa		11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	SETDB2	Q96T68	719 aa		11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445		H0YIN7	160 aa		11.87	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	NEUROD2	Q15784	382 aa		11.87	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	11.86	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		11.86	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		11.86	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		11.86	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	NGEF	Q8N5V2	710 aa		11.86	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	NBPF26	B4DH59	902 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	PDE6B	P35913	854 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LMO3-222	ENST00000540445	PRELP	P51888	382 aa		11.85	□□□□□ -0.51

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.2 ms