RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 RIPK2O43353 540 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 STK16O75716 305 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 IPO13O94829 963 aaKnown RBP15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ABHD2P08910 425 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLC35G6P0C7Q6 338 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 C1GALT1C1LP0DN25 315 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 GNAZP19086 355 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EPORP19235 508 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AHRP35869 848 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 GLRBP48167 497 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EFNA3P52797 238 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 DCAF10Q5QP82 559 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EMBQ6PCB8 327 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KIRREL2Q6UWL6 708 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RHEBL1Q8TAI7 183 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NACC2Q96BF6 587 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AIF1LQ9BQI0 150 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TGIF2Q9GZN2 237 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EPB41L4BQ9H329 900 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CNOT10Q9H9A5 744 aaKnown RBP15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NUDT4Q9NZJ9 180 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF180Q9UJW8 692 aa15□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AGPSO00116 658 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KLHL2O95198 593 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 MSH2P43246 934 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AVPR1BP47901 424 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AGTR2P50052 363 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SERPINB9P50453 376 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RRADP55042 308 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 HYAL2Q12891 473 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PWP1Q13610 501 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ACAP2Q15057 778 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 FAM83EQ2M2I3 478 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 LACTB2Q53H82 288 aaPredicted RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ATG9BQ674R7 924 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TRMT10CQ7L0Y3 403 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AFAP1L2Q8N4X5 818 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 FDCSPQ8NFU4 85 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NT5CQ8TCD5 201 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CRB3Q9BUF7 120 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 YIPF2Q9BWQ6 316 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CD244Q9BZW8 370 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 AICDAQ9GZX7 198 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 MKKSQ9NPJ1 570 aaPredicted RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SEMA3GQ9NS98 782 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 DNAJC11Q9NVH1 559 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF358Q9NW07 568 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 GPRC5BQ9NZH0 403 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PCDHGA9Q9Y5G4 932 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLC22A7Q9Y694 548 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SUPT3HB4E1H0 165 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SGK494L7N484 410 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 PEX12O00623 359 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SUPT3HO75486 399 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 B3GALT4O96024 378 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RBBP5Q15291 538 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF605Q86T29 641 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZC3H7AQ8IWR0 971 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D19Q8N5T2 526 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CREB3L4Q8TEY5 395 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CAVIN3Q969G5 261 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 FER1L6-AS2Q96M78 137 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLC25A23Q9BV35 468 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NUDT9Q9BW91 350 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CAPS2Q9BXY5 557 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 VPS11Q9H270 941 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ANKHQ9HCJ1 492 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 COPG2Q9UBF2 871 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 C3orf18Q9UK00 162 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 IKBKGQ9Y6K9 419 aa14.99□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ZNF462Q96JM2 2506 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 EXOC1LA0A1B0GW35 172 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 A6NL46 340 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 IDSB3KWA1 339 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 TRIM49D1C9J1S8 452 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SUV39H1O43463 412 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CCNT2O60583 730 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 ALOX12BO75342 701 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 JRKO75564 520 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 BMP10O95393 424 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 S100BP04271 92 aaPredicted RBP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SERPIND1P05546 499 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 CD22P20273 847 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLBPQ14493 270 aaKnown RBP eCLIP14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLC29A2Q14542 456 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 OR11G2Q8NGC1 345 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SLC6A16Q9GZN6 736 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KLHL31Q9H511 634 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 C14orf105Q9NVL8 296 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 FBXL4Q9UKA2 621 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 NAALAD2Q9Y3Q0 740 aa14.98□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 FASNP49327 2511 aaKnown RBP14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 SPTA1P02549 2419 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 C4orf51C9J302 202 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KLK8O60259 260 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 DNAJB6O75190 326 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 RDH16O75452 317 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KRT38O76015 456 aa14.97□□□□□ -0.01
CLN3-201ENST00000333496 KLHL18O94889 574 aa14.97□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.5 ms