RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-209	ENST00000487284	RUVBL1	Q9Y265	456 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ARID1B	Q8NFD5	2236 aa	Predicted RBP	13.63	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KRT36	O76013	467 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ETHE1	O95571	254 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	XRCC1	P18887	633 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PIK3CB	P42338	1070 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	GOLGA4	Q13439	2230 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NFYC	Q13952	458 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SAMD4B	Q5PRF9	694 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	IYD	Q6PHW0	289 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	OR52E1	Q8NGJ3	308 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC37A2	Q8TED4	501 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ZDHHC1	Q8WTX9	485 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	APOLD1	Q96LR9	279 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PITHD1	Q9GZP4	211 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	DMRT3	Q9NQL9	472 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ADA2	Q9NZK5	511 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CD300A	Q9UGN4	299 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ICK	Q9UPZ9	632 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	OTOGL	Q3ZCN5	2332 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	DLL1	O00548	723 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KDM1A	O60341	852 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PRMT3	O60678	531 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	FKBP6	O75344	327 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	IL6	P05231	212 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ANXA6	P08133	673 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SYP	P08247	313 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	GIMD1	P0DJR0	217 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ENG	P17813	658 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC6A2	P23975	617 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	TACR1	P25103	407 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PSMB5	P28074	263 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NDUFS1	P28331	727 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC7A2	P52569	658 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	DGKQ	P52824	942 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CLNS1A	P54105	237 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RPS13	P62277	151 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ACSM2A	Q08AH3	577 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KRT33B	Q14525	404 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RCN1	Q15293	331 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SPATS1	Q496A3	300 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SPIN4	Q56A73	249 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ACSM2B	Q68CK6	577 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	AAGAB	Q6PD74	315 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	TMIGD1	Q6UXZ0	262 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	GATAD2A	Q86YP4	633 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RIMKLA	Q8IXN7	391 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KRT78	Q8N1N4	520 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SDR16C5	Q8N3Y7	309 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KRTCAP2	Q8N6L1	136 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	OR4K1	Q8NGD4	311 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CHTF18	Q8WVB6	975 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SH3KBP1	Q96B97	665 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	TESC	Q96BS2	214 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CXorf40B	Q96DE9	158 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ACAT2	Q9BWD1	397 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	GTPBP2	Q9BX10	602 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	IL1RL2	Q9HB29	575 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NMRK1	Q9NWW6	199 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SIRT5	Q9NXA8	310 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	COLEC10	Q9Y6Z7	277 aa		13.62	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PRORSD1P	A6NEY8	169 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	OR5K4	A6NMS3	321 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284		H0Y3Z8	333 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NME4	O00746	187 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KHNYN	O15037	678 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	MAP3K7	O43318	606 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	PRICKLE3	O43900	615 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CER1	O95813	267 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RET	P07949	1114 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CCT8	P50990	548 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	C21orf58	P58505	322 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	YBX1	P67809	324 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	REEP5	Q00765	189 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	MEF2A	Q02078	507 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	FAM174B	Q3ZCQ3	159 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SPANXN4	Q5MJ08	99 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ICE2	Q659A1	982 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	GALNT18	Q6P9A2	607 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC2A7	Q6PXP3	512 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	KANSL1	Q7Z3B3	1105 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC15A3	Q8IY34	581 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	C1orf52	Q8N6N3	182 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RNF148	Q8N7C7	305 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ZNF740	Q8NDX6	193 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	OR2A1	Q8NGT9	310 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	CLHC1	Q8NHS4	586 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SAP25	Q8TEE9	199 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NUDT8	Q8WV74	236 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	SLC13A3	Q8WWT9	602 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	ASB9	Q96DX5	294 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	TMEM74	Q96NL1	305 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	TSSK3	Q96PN8	268 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	AIF1L	Q9BQI0	150 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	RHBG	Q9H310	441 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	XKR8	Q9H6D3	395 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	NT5DC2	Q9H857	520 aa		13.61	□□□□□ -0.23
CUX1-209	ENST00000487284	STX18	Q9P2W9	335 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23

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