RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP11A1	P05108	521 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	JMJD7	P0C870	316 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIA1	P42261	906 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNJ5	P48544	419 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HMGCS1	Q01581	520 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GPR68	Q15743	365 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPK14	Q16539	360 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCH	Q86VS3	1027 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CPNE8	Q86YQ8	564 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NATD1	Q8N6N6	113 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KLRF1	Q9NZS2	232 aa		12.82	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LTN1	O94822	1766 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		H0YGN5	161 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	COQ9	O75208	318 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AGR2	O95994	175 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ITIH1	P19827	911 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS9	P46781	194 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP1B1	Q16678	543 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FRG2	Q64ET8	278 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SVOPL	Q8N434	492 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10H4	Q8NGA5	316 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC5	Q96C12	935 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FRG2B	Q96QU4	278 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CCRL2	O00421	344 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CNTN5	O94779	1100 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARCN1	P48444	511 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ENPP2	Q13822	863 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	UPP1	Q16831	310 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF800	Q2TB10	664 aa	Predicted RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36	5e-8	■■□□□ 12.6
PTPRF-215	ENST00000496447	SERINC5	Q86VE9	423 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2L5	Q8NG80	312 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4K17	Q8NGC6	315 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF347	Q96SE7	839 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FANCF	Q9NPI8	374 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NCDN	Q9UBB6	729 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C19orf25	Q9UFG5	118 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PIR	O00625	290 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC30A4	O14863	429 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TFEC	O14948	347 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	COCH	O43405	550 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GRID2	O43424	1007 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PRAMEF11	O60813	436 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ANGPTL1	O95841	491 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DBI	P07108	87 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TYRP1	P17643	537 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMA1	P25786	263 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TARDBP	Q13148	414 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IL18R1	Q13478	541 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CCIN	Q13939	588 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AHSA2	Q719I0	299 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM126B	Q8IUX1	230 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf52	Q8N6N3	182 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPK15	Q8TD08	544 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GRHL3	Q8TE85	626 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PIK3R3	Q92569	461 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPN	Q96H22	339 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GML	Q99445	158 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35A5	Q9BS91	424 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IRF2BPL	Q9H1B7	796 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	UTS2R	Q9UKP6	389 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DHFR	P00374	187 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HNRNPA1	P09651	372 aa	Known RBP eCLIP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CLCN4	P51793	760 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SERINC3	Q13530	473 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ADGRE1	Q14246	886 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF829	Q3KNS6	432 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ENDOV	Q8N8Q3	282 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NAT8L	Q8N9F0	302 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA1143	Q96AT1	154 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	BHLHE41	Q9C0J9	482 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GRHL1	Q9NZI5	618 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		12.81	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	B4GALT2	O60909	372 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OAS1	P00973	400 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IQCF3	P0C7M6	154 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MC1R	Q01726	317 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	INCA1	Q0VD86	236 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C12orf76	Q8N812	135 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	P2RX2	Q9UBL9	471 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FETUB	Q9UGM5	382 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R2N6	131 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SCD	O00767	359 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TBX10	O75333	385 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SIX3	O95343	332 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SRPRA	P08240	638 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ATF6	P18850	670 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ACVR2A	P27037	513 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	IL18	Q14116	193 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PAFAH1B3	Q15102	231 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMCO6	Q96DC7	493 aa		12.8	□□□□□ -0.36

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