RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474025.1

SNRNP40-204, Transcript of small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 40, human

TSL 3

Gene SNRNP40, Length 581 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNRNP40-204	ENST00000474025		H7C0C1	242 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	RASGRF2	O14827	1237 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FANCG	O15287	622 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	OR1I1	O60431	355 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SRPX2	O60687	465 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FKBP9	O95302	570 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	NADK	O95544	446 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	APOC2	P02655	101 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	RPN2	P04844	631 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	UQCRH	P07919	91 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	OR56A5	P0C7T3	313 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	HOXB4	P17483	251 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	IGFBP2	P18065	325 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CD9	P21926	228 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FBL	P22087	321 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PSMA3	P25788	255 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PSMB5	P28074	263 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FOXN2	P32314	431 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ATP5O	P48047	213 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MARCKSL1	P49006	195 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	EFNA3	P52797	238 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	EMP2	P54851	167 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	UBASH3A	P57075	661 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SPARCL1	Q14515	664 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PRPSAP1	Q14558	356 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PCOLCE	Q15113	449 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SF1	Q15637	639 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	LONRF1	Q17RB8	773 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MUM1	Q2TAK8	710 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PRTG	Q2VWP7	1150 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ZNF766	Q5HY98	468 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ANKRD20A2	Q5SQ80	823 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ANKRD20A1	Q5TYW2	823 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ABHD17B	Q5VST6	288 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ANKRD20A3	Q5VUR7	823 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	KCTD11	Q693B1	232 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	BBS12	Q6ZW61	710 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	RNF44	Q7L0R7	432 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	TAOK1	Q7L7X3	1001 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SPPL2C	Q8IUH8	684 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CCDC50	Q8IVM0	306 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SIAH3	Q8IW03	269 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CHERP	Q8IWX8	916 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	KATNAL2	Q8IYT4	538 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	OR4N4	Q8N0Y3	316 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	AMER3	Q8N944	861 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SPATA3	Q8NHX4	192 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SUN3	Q8TAQ9	357 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	STYX	Q8WUJ0	223 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CDKN2AIPNL	Q96HQ2	116 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	GPR137	Q96N19	417 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SPATA13	Q96N96	652 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	DNAJC7	Q99615	494 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	TMEM121	Q9BTD3	319 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	HEMGN	Q9BXL5	484 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ZNF700	Q9H0M5	742 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	TSPAN10	Q9H1Z9	355 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	GOLPH3	Q9H4A6	298 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	GPAM	Q9HCL2	828 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	C14orf105	Q9NVL8	296 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	STOX2	Q9P2F5	926 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	TRPC4	Q9UBN4	977 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ZC3H7B	Q9UGR2	993 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PCDHGB6	Q9Y5F9	930 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FAM169A	Q9Y6X4	670 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	COL6A5	A8TX70	2615 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PRRC2A	P48634	2157 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MXRA5	Q9NR99	2828 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025		A0A0J9YVX5	310 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025		A0A1W2PPV9	198 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	CCDC162P	A2VCL2	907 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	OR2A25	A4D2G3	310 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	KRT87P	A6NCN2	255 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ASPDH	A6ND91	283 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MROH6	A6NGR9	719 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FIGNL2	A6NMB9	653 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FAM227A	F5H4B4	570 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ADAM10	O14672	748 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FFAR3	O14843	346 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	GPR42	O15529	346 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	PJA2	O43164	708 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	AKR1B10	O60218	316 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	GPC4	O75487	556 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	SLCO2B1	O94956	709 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MBD3	O95983	291 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	EIF2S1	P05198	315 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	HEXB	P07686	556 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	MYBL2	P10244	700 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ERVK-10	P10266	1014 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	ICAM2	P13598	275 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	FOSL1	P15407	271 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SNRNP40-204	ENST00000474025	TPH1	P17752	444 aa		4.86	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.4 ms